Forschungsworkflow und Open-Science-Werkzeug
CHARMM-GUI System Builder
Ein AI-Agent-Skill, der Eingabeprüfung, Browseraufträge, Download-Wiederherstellung und GROMACS-Dateiprüfung als getrennte Schritte festhält.
- Aktuelle öffentliche Version
- v2.2.0 Audit Closure and Stage Handoff Edition
- Lizenz
- AGPL-3.0
- Status
- Öffentliches, inoffizielles Community-Projekt
Ein inoffizielles Community-Projekt. Es ist weder mit CHARMM-GUI, dem Im Lab oder der Lehigh University verbunden noch von ihnen unterstützt.
01 / Überblick
Ein fertiger Download ist noch kein simulationsbereites System.
Die Vorbereitung eines Membranproteins mit CHARMM-GUI führt über Eingabestruktur, Browserformulare, Backend-Aufträge, Downloads, Archive und GROMACS-Topologien. Ein grünes Signal in einem Schritt kann nicht für die folgenden Schritte sprechen.
Der Skill hält deshalb getrennt fest, welche Parameter eingereicht wurden, wo ein Browserauftrag steht, ob ein Download ein Archiv oder eine HTML-Fehlerseite ist und ob GRO, TOP, ITP und MDP zusammenpassen. Er ist kein neues Dynamikprogramm und ersetzt CHARMM-GUI nicht.
02 / Warum es existiert
Browseraufträge, Pakete und Topologien scheitern an verschiedenen Stellen.
Eine Seite kann bereit aussehen, ohne abgeschickt zu sein; das Backend kann fertig sein, während der Browserdownload abbricht; eine Datei namens `.tar.gz` kann HTML enthalten; lesbare GROMACS-Dateien beweisen noch nicht, dass eigene Ligandenparameter in der endgültigen Topologie stehen.
Der Skill verdeckt diese Unterschiede nicht mit einem einzigen Häkchen. Browserstatus braucht Browsernachweise, Dateistatus Typ- und Integritätsprüfungen, Topologiestatus eine Komponentenprüfung. Ob das System in production MD gehen darf, bleibt eine gesonderte menschliche Entscheidung.
03 / Funktionen
Von der Ausgangsstruktur bis zum GROMACS-Paket.
- 01
PDB-, SDF-, MOL2- und Ligandenparameter-Eingaben prüfen.
- 02
Browserparameter, URLs, Screenshots und Auftragsstatus festhalten.
- 03
Membranorientierung, Systemgröße, Lipidverhältnis und Ioneneinstellungen prüfen.
- 04
running, stalled, backend complete und Warten auf menschliche Übernahme unterscheiden.
- 05
Unterbrochene Browserdownloads wiederaufnehmen und den Vorgang dokumentieren.
- 06
tar, tar.gz, HTML-Fehlerseiten, beschädigte Pakete und unvollständige Downloads unterscheiden.
- 07
GRO-, TOP-, ITP-, MDP-Dateien und Systemkomponenten prüfen.
- 08
Feststellen, ob eigene Ligandenparameter tatsächlich in der endgültigen GROMACS-Topologie stehen.
- 09
Strukturaufgelöste Lipide, Ionen, Cofaktoren und Taschenkomponenten von gewöhnlichem Membranmaterial trennen.
- 10
Die Ligandenpose über Bereinigung, Orientierung, Zusammenbau und Koordinatenumwandlung verfolgen.
- 11
Restraint-Dateien, Makros, Freigabepläne der Equilibrierung und erwarteten Produktionszustand prüfen.
- 12
Stage 2 durch getrenntes Read-only-Audit, explizite Sperre und unabhängige Receipt-2.0-Prüfung schließen.
- 13
Verhindern, dass ein technischer Dateipass als produktionsbereit gemeldet wird.
04 / Unterstützte Agent-Umgebungen
Dieselben Prüfungen können verschiedene Agent-Clients ausführen.
Die öffentliche Version bietet Adapter für folgende Umgebungen; Prüfliste und Bedingungen für menschliche Übernahme bleiben gleich.
- Codex
- Claude Code
- OpenClaw / Javis
- Hermes Agent
- Andere mit Agent Skills kompatible Clients
Ohne Browsersteuerung oder menschliche Übernahme stoppt der Skill am Browserschritt. Aus „nicht ausführbar“ wird nicht „abgeschlossen“.
05 / Wissenschaftliche Grenze
Vollständige Dateien erlauben noch keine Produktionssimulation.
Stage 2 stellt nur fest, dass Eingaben, Aufzeichnungen und Ausgabedateien zusammenpassen. Der Skill entscheidet weder über Protonierung, Membranzusammensetzung oder Ligandenparameter noch autorisiert er MD, nur weil eine Topologie vorverarbeitet werden kann.
- Production_Approved wird nicht automatisch vergeben.
- gmx mdrun wird nicht ausgeführt.
- gmx grompp -maxwarn wird nicht verwendet, um Topologieprobleme zu verdecken.
- Membranzusammensetzung, Protonierung, Proteinsegmentierung und Ligandenparameter werden nicht für Forschende entschieden.
- Eine vorbereitete Struktur wird nicht als Bindestellennachweis beschrieben.
production_ready=false · md_execution_allowed=false · no_mdrun=trueVor production prüft eine Fachperson weiterhin Molekülidentität, Protonierung, Ligandenparameter, Membranorientierung, Topologievorverarbeitung und Plausibilität des Gesamtsystems.
06 / Entstehung und Danksagung
Das Projekt entstand aus Membranaufbauten, die tatsächlich stecken blieben.
Zeit kostet oft nicht das einmalige Ausfüllen eines Formulars, sondern das Fortsetzen eines langen Auftrags, die Frage nach einem abgeschlossenen Backend trotz fehlgeschlagenem Download und die Prüfung, ob das endlich erhaltene Paket intakt ist. Der Skill macht aus diesen wiederkehrenden Problemen ausführbare Prüfungen.
Die öffentliche Version enthält nur übertragbare Methoden. Unveröffentlichte Moleküle, interne Job-IDs, private Strukturen, lokale Pfade und Zugangsdaten gelangen weder ins Repository noch auf diese Seite.
Developed with research guidance from Nian Yin and computational workflow support from NianLab.
07 / Öffentliche Links