Liao Chenyan

Lebenswissenschaften · Computerchemie · unabhängige Software

Liao Chenyan

Liao Chenyan

Ich arbeite in der KI-gestützten Wirkstoffforschung und untersuche Proteine und kleine Moleküle mit computergestützten Methoden.

Zuvor habe ich zu Ökologie, Insektenverhalten und Genomik gearbeitet. Hier finden Sie meine veröffentlichten Arbeiten, zwei von mir entwickelte Apps und Fotografien von Insekten, Bergen und dem Nachthimmel.

Ökologie und Insektenverhalten → Genomik und Regulation → AI for Biology → Moleküldesign

Öffentliche ArbeitenGitHubKontakt

Die folgenden Veröffentlichungen und Open-Source-Projekte sind jeweils mit der Originalarbeit verlinkt.

01Öffentliche Arbeiten

Artikel und Open-Source-Projekte

„Das erste Prinzip lautet, dass man sich nicht selbst täuschen darf – und man selbst ist am leichtesten zu täuschen.“

— Richard Feynman„Cargo Cult Science“
Begutachteter ArtikelCommunications Biology · 2026

lncRNAs contribute to caste differentiation as a regulatory layer in ants

Ding, G., Lin, F., Zheng, J. et al. Communications Biology (2026)

Worum es geht

Königinnen und Arbeiterinnen können nahezu dasselbe Genom teilen und sich dennoch zu verschiedenen Körpern und Aufgaben entwickeln. Anhand von Entwicklungstranskriptomen der Pharaoameise und einer Blattschneiderameise identifiziert die Studie lncRNAs, deren Kastendifferenz zunehmend kanalisiert wird, und verknüpft diese Muster mit gewebespezifischen proteincodierenden Netzwerken, RNA-Interferenz und Reaktionen auf Juvenilhormon.

Mein Beitrag

Ich war an mehreren Teilen der bioinformatischen Analyse beteiligt.

Veröffentlicht am

DOI: 10.1038/s42003-026-10839-z

Artikel lesen
Open-Source-Forschungsarbeitv2.2.0 · AGPL-3.0

CHARMM-GUI System Builder

Ein AI-Agent-Skill zum Prüfen von CHARMM-GUI-Eingaben, Wiederaufnehmen unterbrochener Aufgaben, Erkennen heruntergeladener Pakete und Validieren von GROMACS-Dateien.

Problem
Eine fertige Browserseite, ein fertiger Download und eine geprüfte GROMACS-Topologie sind drei verschiedene Zustände; keiner beweist die anderen.
Liaos Beitrag
Eingabeprüfung, Browseraufzeichnung, Langzeitjob-Wiederherstellung, Archiverkennung und GROMACS-Dateiprüfung in einzeln ausführbare Agent-Schritte überführt.
Öffentliche Nachweise
GitHub-Release v2.2.0, AGPL-3.0-Quellcode und Dokumentation; das öffentliche Repository enthält 130 Tests sowie Prüfungen für Strukturumgebung, Pose-Erhalt, Restraint-Übergabe und Receipt 2.0.
Grenze
Inoffizielles Community-Projekt; ersetzt CHARMM-GUI nicht, führt keine Produktionssimulation aus und erteilt keine automatische production-MD-Freigabe.
Aktuelle Richtung
Prüfungen für Strukturumgebung, Ligandenpose und Restraint-Übergabe weiter ausbauen und Systemaufbau, MD-Freigabe und wissenschaftliches Urteil getrennt halten.

Ein inoffizielles Community-Projekt. Es ist weder mit CHARMM-GUI, dem Im Lab oder der Lehigh University verbunden noch von ihnen unterstützt.

ProjektdetailsGitHub
02Forschung

Proteine, kleine Moleküle und computergestützte Forschung

„Lebende Materie entzieht sich dem Zerfall zum Gleichgewicht.“

— Erwin SchrödingerWas ist Leben?

Meine heutige Forschung liegt in der KI-gestützten Wirkstoffforschung (AIDD). Ich untersuche mögliche Wechselwirkungen zwischen kleinen Molekülen und Proteinen und wie rechnerische Vergleiche bei der Auswahl von Kandidaten für Experimente helfen können.

Ein Protein kann verschiedene Konformationen annehmen, und für dasselbe Molekül können mehrere Bindeposen vorgeschlagen werden. Mich interessiert, wie diese Auswahl den Vergleich beeinflusst: Welche Kontakte ändern sich, bleibt eine Pose während der Simulation plausibel, und stützen verschiedene Methoden dieselbe Interpretation?

Molekülgenerierung, virtuelles Screening, Docking und Molekulardynamik liefern unterschiedliche Informationen. Für ihre Interpretation müssen Eingabestrukturen, Parameter und Auswahlentscheidungen nachvollziehbar sein. Ein Kandidat braucht außerdem einen praktikablen Weg zur Synthese oder Beschaffung und einen geeigneten Assay. Rechenscores und Trajektorien allein belegen weder Bindung noch Aktivität oder Mechanismus.

01

Proteinkonformationen und molekulare Kontakte

Forschungsfrage

Ist eine vorgeschlagene Bindepose eines kleinen Moleküls noch plausibel, wenn das Protein seine Konformation ändert?

Was beim Vergleich zu berücksichtigen ist

Der Vergleich von Taschengeometrie und molekularen Kontakten kann erklären, warum eine Vorhersage von einer bestimmten Struktur abhängt. Beim Übergang zum Zellexperiment kommen Konzentration, Membranen, Stoffwechsel und konkurrierende Moleküle hinzu.

02

Kandidaten für Experimente auswählen

Forschungsfrage

Was sollte die Priorität bestimmen, wenn nur wenige Verbindungen getestet werden können?

Was beim Vergleich zu berücksichtigen ist

Docking-Scores sind ein Teil dieser Entscheidung. Chemische Plausibilität, strukturelle Vielfalt, Übereinstimmung zwischen Methoden und Verfügbarkeit der Verbindungen bestimmen ebenfalls, ob eine Auswahl für das experimentelle Team brauchbar ist.

03

Einen rechnerischen Vergleich reproduzieren

Forschungsfrage

Kann eine andere Person einen ausgewählten Kandidaten auf seine Struktur, Einstellungen und Auswahlkriterien zurückführen?

Was beim Vergleich zu berücksichtigen ist

Strukturvorbereitung, Softwareversionen, fehlgeschlagene Läufe und manuelle Auswahl können einen Vergleich verändern. Mit entsprechenden Aufzeichnungen lassen sich Berechnungen wiederholen und Abweichungen zwischen Läufen untersuchen.

03Forschungsweg

Von Ökologie, Insekten und Omics zu AIDD

„In der Natur existiert nichts für sich allein.“

— Rachel CarsonDer stumme Frühling
  1. 01Heute

    AIDD und Moleküldesign

    Meine aktuelle Forschung konzentriert sich auf Proteine, kleine Moleküle und Computerchemie. Sie verbindet Molekülgenerierung, virtuelles Screening, Docking und Molekulardynamik, um mögliche Wechselwirkungen und Kandidaten zu vergleichen.

    Die anschließende experimentelle Prüfung gehört zur Fragestellung: Welche Verbindungen sind verfügbar, was sollte gemessen werden, und welche alternativen Erklärungen müssen geprüft werden?

  2. 02Computergestützter Übergang

    AI for Biology und computergestützte Methoden

    Mit dem Übergang von Omics zu AIDD verlagerte sich der Schwerpunkt meiner computergestützten Arbeit auf Proteinstrukturen und kleine Moleküle. Strukturvorbereitung, Kandidatenvergleich und Simulationsanalyse wurden zu zentralen Aufgaben.

    Diese Arbeit verbindet meinen Hintergrund in Biologie und Genomik mit Strukturbiologie und Chemie. Neben Unterschieden in biologischen Daten stehen nun auch Molekülgeometrie und Wechselwirkungen im Mittelpunkt.

  3. 03Frühere Grundlage

    Evolutionsgenomik und Multi-Omics

    Meine frühere Arbeit umfasst Evolutionsgenomik, Transkriptomik, Epigenetik und Heterosis. Diese Gebiete untersuchen den Zusammenhang zwischen genetischer Variation, Genregulation und phänotypischen Unterschieden.

    Bei Omics-Vergleichen müssen Probenzusammensetzung, Batch-Effekte und Annotation berücksichtigt werden. Diese Bedingungen beeinflussen, ob ein Unterschied eine biologische Erklärung stützt.

  4. 04Organismen und Verhalten

    Insekten, Verhalten und Anpassung

    Auch Insekten und Verhalten gehören zu meinem Forschungshintergrund. Auf dieser Ebene geht es um ganze Organismen und die Beziehungen zwischen Verhalten, Entwicklung und Umweltbedingungen.

    Ein Verhaltensmesswert braucht Kontext: Was wurde unter welchen Bedingungen gemessen, und welche anderen Verhaltensweisen könnten einen ähnlichen Wert ergeben?

  5. 05Ökologischer Hintergrund

    Ökologie, Biodiversität und lebende Systeme

    Ökologie gehört zu meinem früheren Forschungshintergrund, ebenso wie mein Interesse an Biodiversität. Sie betrachtet Organismen im Zusammenhang mit anderen Arten, Ressourcen und Umweltveränderungen.

    Mein heutiger Fokus auf Moleküle steht in diesem breiteren biologischen Zusammenhang. Molekulare, organismische und ökologische Studien bearbeiten unterschiedliche Teile einer biologischen Frage und benötigen unterschiedliche Belege.

04Über mich

I Am What I Am

„Man kann die Punkte nicht verbinden, wenn man nach vorn schaut; erst im Rückblick verbinden sie sich.“

— Steve Jobs
Ein surreales Selbstporträt von Liao Chenyan auf einem riesigen Hummer in stürmischer See.
Ein ziemlich unwahrscheinliches Selbstporträt.

Neben der Forschung interessieren mich Fotografie, Kaffee und Filmfotografie. Außerdem entwickle ich zwei unabhängige Apps: YanMore Grind und FilmDevMonitor.

01

Auf einem Foto sitzt eine frisch geschlüpfte Zikade neben ihrer leeren Hülle; die dünnen Flügel sind noch nicht ganz entfaltet. Auf einem anderen erreicht goldenes Licht den Schnee am Bergkamm, während das Tal blau bleibt. Durch die Fotografie kann ich solche ganz unterschiedlichen Details genauer betrachten.

02

Kaffee ist auch das Thema von YanMore Grind. Eine neue Packung Bohnen erfordert oft eine neue Mahlgradeinstellung. Die App hält Einstellungen, Brühergebnisse und Geschmacksnotizen zusammen, damit frühere Versuche leichter zu finden sind.

03

FilmDevMonitor betrifft einen anderen Teil der Fotografie: die Filmentwicklung. Prozess, Chemie, Temperatur, Bewegung und Timer stehen in einer Ansicht; Quellen und Sicherheitshinweise bleiben beim aktuellen Schritt zugänglich.

Warum ein Hummer?

Mir gefällt die absurde Vorstellung, auf einem riesigen Hummer durch einen Sturm zu reiten. Es ist ein spielerisches Selbstporträt, ohne große Erklärung dahinter.

05Unabhängige Apps

Kaffeekalibrierung und Filmentwicklung

„Das Erkennen des Bedarfs ist die erste Voraussetzung für Gestaltung.“

— Charles Eames
01Für iPhone, iPad und Mac erhältlich · Mehrsprachige Oberfläche

YanMore Grind

Einen Anfangsmahlgrad finden, die Brühung festhalten und gelungene Rezepte wiederfinden.

Heute Espresso, morgen Filterkaffee aus derselben Packung. Zitrusaroma und ein trockenes Mundgefühl lassen sich getrennt notieren. 2.3.1 erweitert das Aromarad, ergänzt Nachkauf-Einträge und präzisiert Free und Pro für Kalibrierung und Bohnen-Arbeitsbereich.

2.3.1 wurde zur Prüfung eingereicht; öffentlich im App Store ist 2.3.0 verfügbar (geprüft am 19.10.2026).

Mehr erfahren
YanMore Grind — Mahlgrad-Empfehlung
Mahlgrad-Empfehlung
YanMore Grind — Kaffeekalender
Kaffeekalender
YanMore Grind — Brühverlauf auf dem Mac
Brühverlauf auf dem Mac
02App-Store-Veröffentlichung in Vorbereitung · mehrsprachige Oberfläche

FilmDevMonitor

Sobald die Entwicklung beginnt, stehen Chemie, Temperatur, Bewegung, Zeit und der nächste Handgriff auf demselben Bildschirm.

Mehr erfahren
FilmDevMonitor zeigt den geordneten Prozess, Timer und Steuerung der aktuellen Stufe.
Aktuelle Stufe
FilmDevMonitor-Bereitschaftsprüfung vor Prozessbeginn in dunkler Darstellung.
Vor dem Start prüfen
FilmDevMonitor-Ansicht zur Chemievorbereitung mit Prozessquellen und Sicherheitshinweisen.
Chemie vorbereiten
FilmDevMonitor-Einstellungen für Prozess, Film, Tank, Format, Bewegung und Arbeitsvolumen.
Arbeitsbedingungen
06Fotografie

Insekten, Landschaften und der Nachthimmel

„Man nimmt keine Fotografie auf, man macht sie.“

— Ansel Adams
01 / 03

Milchstraße über roter Erde

Die Milchstraße steigt über den Hügeln von Dongchuan auf; Terrassen und Siedlungslichter bleiben am Boden erkennbar.

Rote Erde von Dongchuan
02 / 03

Weggabelungen

Von oben teilen und vereinen sich Holzstege im Feuchtgebiet; Menschen in Rot gehen in verschiedene Richtungen.

2025
03 / 03

Schlupf der Zikade

Eine frisch geschlüpfte Zikade sitzt neben ihrer Hülle; die transparenten Flügel sind noch nicht ganz entfaltet.

Tierbeobachtung
See unter den GipfelnEin blauer See liegt in einem von Felsgipfeln gefassten Tal; die Uferwiesen bringen den Sommer ins Hochgebirge.Hochgebirgslandschaft
Perseiden über dem TagetesfeldMilchstraße und Sternschnuppen stehen über einem Feld orangefarbener Tagetes, das den Vordergrund der Nacht erhellt.Tagetesfeld
Differenzierung und ZusammenarbeitMehrere Ameisen verteilen sich auf einzelne Kammern; gebogene Gänge verbinden ihre Bewegungen.Biologische Beobachtung
WeggabelungenVon oben teilen und vereinen sich Holzstege im Feuchtgebiet; Menschen in Rot gehen in verschiedene Richtungen.2025
Goldenes MorgenlichtDie Sonne erreicht nur die höchsten Schneegipfel; Tal und Vorderberge liegen noch im tiefblauen Schatten.Bergfotografie
07Kontakt

Kontakt

Schreiben Sie mir gern zu veröffentlichter Forschung, Fragen an der Schnittstelle von Berechnung und Biologie oder zu Kaffee, Film und Fotografie. Auch Fragen zu den Apps sind willkommen.

Liao_Chenyan@yeah.net
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