Flujo de trabajo de investigación y herramienta de ciencia abierta
CHARMM-GUI System Builder
Una habilidad para agentes de IA que registra como pasos independientes las comprobaciones de entrada de CHARMM-GUI, los procesos del navegador, la recuperación de descargas y la validación de archivos GROMACS.
- Versión pública actual
- v2.2.0 Audit Closure and Stage Handoff Edition
- Licencia
- AGPL-3.0
- Estado
- Proyecto comunitario público y no oficial
Un proyecto comunitario no oficial. No está afiliado ni avalado por CHARMM-GUI, Im Lab o Lehigh University.
01 / Resumen
Una descarga terminada aún no es un sistema listo para simular.
Preparar un sistema de proteína de membrana con CHARMM-GUI implica una estructura de entrada, formularios en el navegador, procesos en el servidor, descargas, extracción de archivos y comprobaciones de topología GROMACS. Una señal verde en un paso no garantiza los siguientes.
Esta habilidad registra cada parte por separado: qué parámetros se enviaron, dónde se detuvo un proceso del navegador, si la descarga es un archivo comprimido o una página de error HTML y si los archivos GRO, TOP, ITP y MDP son coherentes. No es un nuevo motor de dinámica ni sustituye a CHARMM-GUI.
02 / Por qué existe
Los procesos del navegador, los paquetes descargados y las topologías fallan en puntos distintos.
Una página puede parecer lista sin haberse enviado; el servidor puede terminar mientras falla la descarga del navegador; un archivo llamado `.tar.gz` puede contener un error HTML; y unos archivos GROMACS legibles no demuestran que los parámetros personalizados del ligando hayan llegado a la topología final.
La habilidad no oculta esas diferencias detrás de una única marca verde. El estado del navegador se respalda con sus registros; el de los archivos, con comprobaciones de tipo e integridad; y el de la topología, con la inspección de componentes. Decidir si el sistema debe pasar a MD de producción sigue siendo una decisión humana independiente.
03 / Funciones
De la estructura original al paquete GROMACS.
- 01
Revisa las entradas PDB, SDF, MOL2 y de parámetros del ligando.
- 02
Registra los parámetros del navegador, las URL, las capturas y el estado de los procesos.
- 03
Comprueba la orientación de la membrana, las dimensiones del sistema, las proporciones de lípidos y los ajustes de iones.
- 04
Distingue entre ejecución en curso, bloqueo, finalización en el servidor y espera de que una persona envíe el siguiente paso.
- 05
Recupera las descargas interrumpidas del navegador conservando las evidencias.
- 06
Identifica tar, tar.gz, páginas de error HTML, paquetes dañados y descargas incompletas.
- 07
Valida GRO, TOP, ITP, MDP y los componentes del sistema.
- 08
Comprueba que los parámetros personalizados del ligando se incorporen realmente a la topología GROMACS final.
- 09
Usa un registro del entorno estructural para distinguir el material general de la membrana de los lípidos, iones, cofactores y componentes del bolsillo resueltos en la estructura.
- 10
Registra evidencias de conservación de la pose durante la limpieza, la orientación, el ensamblaje y la conversión final de coordenadas.
- 11
Verifica los archivos de restricciones, las macros, los calendarios de liberación de restricciones durante la equilibración y el estado esperado para producción, trasladando los requisitos pendientes a una etapa posterior.
- 12
Cierra Stage 2 mediante una revisión independiente de solo lectura, un bloqueo explícito y una verificación independiente de Receipt 2.0.
- 13
Evita que superar una comprobación técnica de archivos se presente como estar listo para producción.
04 / Compatibilidad con distintos agentes
Las mismas comprobaciones pueden ejecutarse desde distintos clientes de agentes.
La versión pública ofrece adaptadores para los siguientes entornos, manteniendo la misma lista de comprobaciones y las mismas condiciones de traspaso de control.
- Codex
- Claude Code
- OpenClaw / Javis
- Hermes Agent
- Otros clientes compatibles con Agent Skills
Cuando el entorno de ejecución no permite controlar el navegador ni ceder el control a una persona, la habilidad se detiene en ese paso. No convierte «no se puede ejecutar» en «completado».
05 / Límites científicos
Disponer de archivos completos no autoriza una simulación de producción.
Las comprobaciones de Stage 2 establecen que las entradas, los registros y los archivos de salida son coherentes. No deciden si la protonación, la composición de la membrana o los parámetros del ligando son científicamente adecuados, ni autorizan MD solo porque una topología pueda preprocesarse.
- No asigna Production_Approved automáticamente.
- No ejecuta gmx mdrun.
- No utiliza gmx grompp -maxwarn para ocultar problemas de topología.
- No elige la composición de la membrana, la protonación, la segmentación proteica ni los parámetros del ligando por el investigador.
- No presenta una estructura preparada como evidencia del sitio de unión.
production_ready=false · md_execution_allowed=false · no_mdrun=trueAntes de producción, un experto debe revisar la identidad molecular, la protonación, los parámetros del ligando, la orientación de la membrana, el preprocesamiento de la topología y la plausibilidad del sistema completo.
06 / Origen y agradecimientos
Nació de preparaciones de membranas que realmente se habían bloqueado.
La parte costosa de preparar una membrana no suele ser rellenar un formulario una vez, sino saber cómo reanudar un proceso largo, si una descarga fallida oculta una tarea terminada en el servidor y si el paquete finalmente recibido está intacto. El proyecto convierte esos problemas recurrentes en comprobaciones ejecutables.
La versión pública conserva solo métodos reutilizables. Las moléculas específicas no publicadas, los ID internos de procesos, las estructuras privadas, las rutas locales y las credenciales de ejecución no se incluyen en el repositorio ni en esta página.
Desarrollado con la orientación científica de Nian Yin y el apoyo de NianLab en los flujos de trabajo computacionales.
07 / Enlaces públicos