Liao Chenyan

Ciencias de la vida · química computacional · software independiente

Liao Chenyan

Liao Chenyan

Trabajo en descubrimiento de fármacos asistido por IA, estudiando proteínas y moléculas pequeñas con métodos computacionales.

Mi investigación anterior abarcó ecología, comportamiento de los insectos y genómica. Este sitio reúne mis trabajos publicados, dos aplicaciones que desarrollo y fotografías de insectos, montañas y el cielo nocturno.

Ecología y comportamiento de los insectos → genómica y regulación → IA para la biología → diseño molecular

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A continuación se recogen artículos y proyectos de código abierto, con enlaces a los trabajos originales.

01Trabajos seleccionados

Artículos y proyectos de código abierto

«El primer principio es que no debes engañarte a ti mismo, y tú eres la persona más fácil de engañar.»

— Richard Feynman«Ciencia de culto a la carga»
Artículo revisado por paresCommunications Biology · 2026

lncRNAs contribute to caste differentiation as a regulatory layer in ants

Ding, G., Lin, F., Zheng, J. et al. Communications Biology (2026)

La pregunta de este trabajo

Reinas y obreras pueden compartir esencialmente el mismo genoma y, aun así, desarrollar cuerpos distintos y desempeñar tareas muy diferentes. A partir de transcriptomas del desarrollo de la hormiga faraón y de una hormiga cortadora de hojas, este estudio identifica lncRNA cuya expresión preferente por casta se canaliza progresivamente y relaciona esos patrones con redes de genes codificantes de proteínas específicas de tejido, experimentos de interferencia de ARN y respuestas a la hormona juvenil.

Mi contribución

Contribuí a varias partes del análisis bioinformático.

Publicado

DOI: 10.1038/s42003-026-10839-z

Leer el artículo
Trabajo de investigación de código abiertov2.2.0 · AGPL-3.0

CHARMM-GUI System Builder

Una habilidad para agentes de IA que comprueba las entradas de sistemas de membrana en CHARMM-GUI, recupera procesos interrumpidos, identifica paquetes descargados y verifica archivos GROMACS.

Problema
Una página terminada en el navegador, una descarga completada y una topología GROMACS verificada son tres estados distintos; ninguno demuestra los otros dos.
La contribución de Liao
Convirtió las comprobaciones de entrada, el registro de procesos del navegador, la recuperación de procesos largos, la identificación de archivos y la inspección de archivos GROMACS en pasos que un agente puede ejecutar uno a uno.
Evidencias públicas
Versión v2.2.0 en GitHub, código fuente AGPL-3.0 y documentación pública; el repositorio público contiene 130 pruebas y publica controles de aprobación del entorno estructural, la conservación de la pose, el traspaso de restricciones y el cierre de Receipt 2.0.
Límites
Un proyecto comunitario no oficial que no sustituye a CHARMM-GUI, no ejecuta simulaciones de producción ni aprueba automáticamente un sistema para MD de producción.
Dirección actual
Seguir reforzando las comprobaciones del entorno estructural, la pose del ligando y el traspaso de restricciones, manteniendo separadas la preparación del sistema, la autorización de MD y la valoración científica.

Un proyecto comunitario no oficial. No está afiliado ni avalado por CHARMM-GUI, Im Lab o Lehigh University.

Leer los detalles del proyectoGitHub
02Perspectiva de investigación

Proteínas, moléculas pequeñas y computación

«La materia viva evita la degradación hacia el equilibrio.»

— Erwin Schrödinger¿Qué es la vida?

Actualmente trabajo en descubrimiento de fármacos asistido por IA (AIDD). Estudio cómo podrían interactuar las moléculas pequeñas con las proteínas y cómo las comparaciones computacionales pueden ayudar a seleccionar candidatos para experimentos.

Una proteína puede adoptar distintas conformaciones y una misma molécula puede tener varias poses de unión propuestas. Me interesa cómo esas elecciones afectan a una comparación: qué contactos cambian, si una pose sigue siendo plausible durante una simulación y si métodos distintos apoyan la misma interpretación.

La generación molecular, el cribado virtual, el acoplamiento y la dinámica molecular aportan distintos tipos de información. Para interpretar sus resultados, las estructuras de entrada, los parámetros y las decisiones de selección deben estar disponibles para su revisión. Un candidato también necesita una vía práctica de síntesis o compra y un ensayo adecuado. Las puntuaciones computacionales y las trayectorias, por sí solas, no demuestran unión, actividad ni mecanismo.

01

Conformaciones proteicas y contactos moleculares

Pregunta de investigación

Si la proteína cambia de conformación, ¿sigue siendo plausible una pose de unión propuesta para una molécula pequeña?

Qué implica la comparación

Comparar la geometría del bolsillo y los contactos moleculares puede revelar por qué una predicción depende de una estructura concreta. La concentración, las membranas, el metabolismo y las moléculas competidoras introducen condiciones adicionales al pasar de un modelo estructural a un experimento celular.

02

Elegir candidatos para los experimentos

Pregunta de investigación

Cuando solo se puede probar un número reducido de compuestos, ¿qué debería determinar su prioridad?

Qué implica la comparación

Las puntuaciones de acoplamiento son una parte de esa decisión. La plausibilidad química, la diversidad estructural, la concordancia entre métodos y la disponibilidad de compuestos también influyen en la utilidad de una lista reducida para un equipo experimental.

03

Reproducir una comparación computacional

Pregunta de investigación

¿Puede otra persona rastrear un candidato seleccionado hasta su estructura, sus ajustes y los criterios de selección?

Qué implica la comparación

La preparación de estructuras, las versiones del software, las ejecuciones fallidas y las selecciones manuales pueden cambiar una comparación. Registrarlas permite repetir el cálculo y examinar por qué dos ejecuciones no coinciden.

03Trayectoria de investigación

De la ecología, los insectos y las ómicas a AIDD

«En la naturaleza, nada existe por sí solo.»

— Rachel CarsonPrimavera silenciosa
  1. 01Dirección actual

    AIDD y diseño molecular

    Mi investigación actual se centra en proteínas, moléculas pequeñas y química computacional. Combina generación molecular, cribado virtual, acoplamiento y dinámica molecular para comparar posibles interacciones y compuestos candidatos.

    La verificación experimental sigue formando parte de la pregunta: ¿qué compuestos se pueden obtener, qué debe medirse y qué explicaciones alternativas hay que poner a prueba?

  2. 02Transición computacional

    IA para la biología y métodos computacionales

    La transición de las ómicas a AIDD desplazó el foco de mi trabajo computacional hacia las estructuras proteicas y las moléculas pequeñas. La preparación de estructuras, la comparación de candidatos y el análisis de simulaciones se convirtieron en tareas centrales.

    Este trabajo conecta mi formación en biología y genómica con la biología estructural y la química. Las preguntas ahora abarcan la geometría y las interacciones moleculares, además de la variación en los datos biológicos.

  3. 03Bases anteriores

    Genómica evolutiva y multiómica

    Mi trabajo anterior incluye genómica evolutiva, transcriptómica, epigenética y heterosis. Estas áreas estudian cómo la variación genética y la regulación génica se relacionan con las diferencias fenotípicas.

    Interpretar una comparación ómica exige atender a la composición de las muestras, los efectos de lote y la anotación. Esas condiciones importan al decidir si una diferencia respalda una explicación biológica.

  4. 04Organismos y comportamiento

    Insectos, comportamiento y adaptación

    Los insectos y el comportamiento también forman parte de mi trayectoria investigadora. A esta escala, las preguntas abarcan organismos completos y la relación entre comportamiento, desarrollo y condiciones ambientales.

    Una medición del comportamiento necesita su contexto: qué se midió, en qué condiciones y qué otras conductas podrían producir un valor similar.

  5. 05Formación ecológica

    Ecología, biodiversidad y sistemas vivos

    La ecología forma parte de mi trayectoria investigadora anterior, junto con el interés por la biodiversidad. Estudia los organismos en relación con otras especies, los recursos y el cambio ambiental.

    Mi enfoque actual en las moléculas se enmarca en esa formación biológica más amplia. Los estudios moleculares, de organismos y ecológicos abordan distintas partes de una pregunta biológica y requieren diferentes tipos de evidencias.

04Sobre mí

I Am What I Am

«No puedes unir los puntos mirando hacia delante; solo puedes unirlos mirando hacia atrás.»

— Steve Jobs
Un autorretrato surrealista de Liao Chenyan cabalgando sobre una langosta gigante por un mar tempestuoso.
Un autorretrato bastante improbable.

Fuera de la investigación, me interesan la fotografía, el café y la película fotográfica. También desarrollo dos aplicaciones independientes: YanMore Grind y FilmDevMonitor.

01

En una fotografía, una cigarra recién emergida descansa junto a su exuvia, con las finas alas aún desplegándose. En otra, la luz dorada alcanza la nieve de una cresta montañosa mientras el valle sigue azul. La fotografía me permite observar de cerca detalles tan distintos como estos.

02

El café también es el tema de YanMore Grind. Una bolsa nueva de granos suele exigir volver a ajustar el molinillo; la aplicación reúne ajustes, resultados de preparación y notas de cata para facilitar la consulta de un intento anterior.

03

FilmDevMonitor aborda otro aspecto de la fotografía: el revelado de película. Reúne proceso, baños químicos, temperatura, agitación y temporizador en una vista, con las fuentes y las notas de seguridad pertinentes junto al paso actual.

¿Por qué una langosta?

Me gusta lo absurdo de cabalgar sobre una langosta gigante en plena tormenta. Es un autorretrato juguetón, sin una gran explicación detrás.

05Productos independientes

Calibración de café y revelado de película

«Reconocer la necesidad es la condición primordial para el diseño.»

— Charles Eames
01Disponible para iPhone, iPad y Mac · Interfaz multilingüe

YanMore Grind

Encuentra una molienda inicial, registra la preparación y conserva la receta que te gustó.

Hoy espresso, mañana filtro, de la misma bolsa. Puedes anotar por separado el aroma cítrico y un final seco. La 2.3.1 amplía la rueda de aromas, añade la recompra y aclara los límites Free / Pro del ajuste y del espacio de trabajo del café.

La versión 2.3.1 se ha enviado a revisión; la versión pública de App Store es la 2.3.0 (comprobado el 19/10/2026).

Más información
YanMore Grind — Orientación de molienda
Orientación de molienda
YanMore Grind — Calendario de café
Calendario de café
YanMore Grind — Biblioteca de cafés en iPad
Biblioteca de cafés en iPad
02En preparación para su lanzamiento en App Store · Interfaz multilingüe

FilmDevMonitor

Una vez iniciado el revelado, mantén los baños químicos, la temperatura, la agitación, los tiempos y la siguiente acción en una misma pantalla.

Más información
Monitor de etapas de FilmDevMonitor con proceso ordenado, temporizador y controles operativos.
Sigue la etapa en curso
Vista oscura de preparación de FilmDevMonitor con comprobaciones previas al inicio del proceso.
Comprueba que todo esté listo antes de empezar
Pantalla de preparación de reactivos de FilmDevMonitor con referencias del proceso e información de seguridad.
Prepara los reactivos con la información necesaria
Ajustes de FilmDevMonitor para proceso, película, tanque, formato, agitación y volumen de trabajo.
Configura las condiciones de trabajo
06Fotografía

Insectos, paisajes y el cielo nocturno

«Una fotografía no se toma, se crea.»

— Ansel Adams
01 / 03

Vía Láctea sobre la tierra roja

La Vía Láctea se alza sobre las colinas de Dongchuan mientras abajo siguen visibles las terrazas y las luces de los pueblos.

Dongchuan Red Land
02 / 03

Caminos que se bifurcan

Vista desde arriba, una pasarela se divide y vuelve a unirse sobre el humedal mientras personas vestidas de rojo avanzan en distintas direcciones.

2025
03 / 03

Emergencia

Una cigarra recién emergida permanece junto a su exuvia, con las alas transparentes aún sin desplegar del todo.

Institute of Zoology
Lago bajo las cumbresUn lago azul ocupa un valle de cumbres rocosas, con hierba estival en la orilla.Paisaje de montaña
Perseidas sobre los tagetesLa Vía Láctea y las estelas de meteoros pasan sobre un campo de tagetes cuyas flores naranjas iluminan el primer plano.Campo de tagetes
Diferenciación y colaboraciónVarias hormigas ocupan cámaras separadas; unos pasadizos curvos conectan sus movimientos.Estudio biológico
Caminos que se bifurcanVista desde arriba, una pasarela se divide y vuelve a unirse sobre el humedal mientras personas vestidas de rojo avanzan en distintas direcciones.2025
Amanecer en la montaña doradaLa luz de la mañana solo alcanza las cumbres nevadas más altas; el valle y las crestas cercanas permanecen en una sombra azul profunda.Estudio de montaña
07Contacto

Escríbeme

Puedes escribirme sobre investigaciones publicadas, cuestiones de computación y biología, o sobre café, película fotográfica y fotografía. También son bienvenidas las preguntas sobre las aplicaciones.

Liao_Chenyan@yeah.net
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