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Liao Chenyan
Un assistant graphique pour le calcul moléculaireEn développement · ordinateur et mobile

MolloM

MolloM

Préparer les structures, régler les paramètres et organiser les calculs sur ordinateur. Retrouver les résultats et les projets de calcul sur téléphone.

D’une bibliothèque de molécules à quelques candidats à examiner.

Illustration conceptuelle d’une bibliothèque moléculaire, d’une protéine en rubans et d’un ligand.
  1. Préparer la bibliothèque

    Vérifier structures et identifiants, sans perdre l’origine de chaque molécule.

  2. Docking et criblage

    Comparer poses, scores et état des tâches, au-delà du premier résultat.

  3. Examiner les candidats

    Revenir aux structures et aux paramètres avant de choisir la suite.

  4. Dynamique moléculaire

    Préparer et vérifier le système, puis étudier son évolution au fil du temps.

Préparer les structures, régler les paramètres, lancer les calculs

MolloM réunit les outils de docking et de dynamique moléculaire intégrés dans une même interface : préparer les structures, régler les paramètres, lancer les calculs, puis consulter résultats et journaux.

  1. Préparer les logiciels

    Le centre logiciel détecte les outils installés et propose installation, gestion des versions et vérification pour les intégrations prises en charge. Choisir un ordinateur ou un serveur SSH, vérifier les entrées et placer la boîte de docking en 3D. Système, licences et paquets disponibles conditionnent l’installation.

  2. Garder accès aux paramètres

    Effort de recherche, graines aléatoires, options CPU/GPU, paramètres GROMACS et MDP : les réglages propres aux moteurs restent accessibles. Contrôles dédiés et protocoles natifs permettent une vérification avant soumission.

  3. Traiter un lot sans tout recommencer

    Un petit essai aide à estimer le temps avant d’allouer les ressources. Choisir moteurs et filtres par étape, relancer les échecs sans refaire les réussites, conserver la provenance des candidats. Résultats et journaux se lisent par pages. Les performances restent à vérifier sur ses propres données et machines.

Préparer au bureau, suivre sur téléphone

Ordinateur

Préparer protéines et ligands, examiner les structures en 3D, configurer boîtes, moteurs et ressources, puis soumettre les tâches locales ou distantes. Gérer criblage, reprise, export, simulations GROMACS et analyses de trajectoires. Docking et MD peuvent être utilisés séparément.

Mobile

Consulter projets, progression, résumés et journaux du poste connecté. Garder notes, favoris, comparaisons de candidats et copies hors ligne datées. Pour les projets compatibles, modifier un plan non soumis et comparer les changements ; lancer le calcul exige une autorisation distincte et la confirmation des ressources.

Interfaces réelles de développement, avec réglages de démonstration et tâches simulées. Aucun calcul réel n’a été lancé.

Connectez d’abord votre ordinateur ou serveur, associez les appareils et accordez les autorisations d’accès.

Les moteurs existants, avec une trace du travail

MolloM n’est pas un nouveau moteur de docking ou de MD. Il appelle les programmes et conserve sorties brutes, paramètres et tentatives. Les archives transportent les entrées et résultats choisis. Les agents IA compatibles peuvent lire les états ou préparer des plans via MCP.

Lieu des calculs et transfert des données

Le docking et les simulations s’exécutent sur votre ordinateur ou le serveur choisi. La connexion du compte peut relayer vers le téléphone les états, résumés et journaux sélectionnés. L’installation de logiciels et les services externes activés utilisent aussi le réseau.

Déléguer les manipulations, pas le jugement scientifique

Scores de docking et trajectoires aident à comparer les candidats, sans établir à eux seuls une liaison ou un mécanisme. L’interprétation dépend aussi de l’identité moléculaire, de la protonation, des champs de force, de l’échantillonnage et des données expérimentales.

Téléchargements et plateformes

Les apps pour ordinateur et mobile sont en développement. Les installateurs officiels et liens vers les boutiques ne sont pas encore disponibles. Téléchargements, prérequis et instructions seront indiqués ici après publication.

Plateformes prévues

Ordinateur

  • macOSPas encore publié
  • WindowsPas encore publié
  • LinuxPas encore publié

Mobile

  • iOS / iPadOSPas encore publié
  • AndroidPas encore publié
  • HarmonyOS NEXTPas encore publié
Contacter le développeur