Liao Chenyan

Sciences du vivant · chimie computationnelle · logiciels indépendants

Je travaille en découverte de médicaments assistée par l’IA, où j’étudie les protéines et les petites molécules par des méthodes computationnelles.

Mes recherches précédentes portaient sur l’écologie, le comportement des insectes et la génomique. Ce site réunit mes travaux publiés, deux applications que je développe et des photographies d’insectes, de montagnes et du ciel nocturne.

Écologie et comportement des insectes → génomique et régulation → AI for Biology → conception moléculaire

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Les articles et projets open source ci-dessous sont accompagnés de liens vers les travaux originaux.

01Travaux publics

Articles et projets open source

« Le premier principe est de ne pas se tromper soi-même — et l'on est la personne la plus facile à tromper. »
— Richard Feynman« Cargo Cult Science »

Article évalué par les pairsCommunications Biology · 2026

lncRNAs contribute to caste differentiation as a regulatory layer in ants

Ding, G., Lin, F., Zheng, J. et al. Communications Biology (2026)

La question étudiée

Reines et ouvrières peuvent partager pratiquement le même génome tout en développant des corps et des fonctions très différents. À partir de transcriptomes du développement chez la fourmi pharaon et une fourmi coupe-feuille, cette étude identifie des lncRNA dont le biais de caste se canalise progressivement, puis relie ces profils à des réseaux de gènes codant des protéines spécifiques des tissus, à des expériences d'interférence ARN et à la réponse à l'hormone juvénile.

Ma contribution

J’ai contribué à plusieurs volets de l’analyse bioinformatique.

Publié le 2026-08-26

DOI: 10.1038/s42003-026-10839-z

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Travail scientifique open sourcev2.2.0 · AGPL-3.0

CHARMM-GUI System Builder

Un skill d'AI Agent pour vérifier les entrées CHARMM-GUI, reprendre les tâches interrompues, identifier les paquets téléchargés et valider les fichiers GROMACS.

Problème: Une page web terminée, un téléchargement terminé et une topologie GROMACS vérifiée sont trois états distincts ; aucun ne prouve les deux autres.
Contribution de Liao: Transformer contrôle des entrées, capture des tâches web, reprise des tâches longues, identification des archives et inspection GROMACS en étapes exécutables une à une par un agent.
Éléments publics: Version GitHub v2.2.0, source AGPL-3.0 et documentation ; le dépôt public contient 130 tests ainsi que des contrôles de l'environnement structurel, de la conservation de pose, du transfert des restraints et du Receipt 2.0.
Limite: Projet communautaire non officiel ; ne remplace pas CHARMM-GUI, n'exécute pas de simulation de production et n'accorde pas automatiquement l'autorisation production MD.
Direction actuelle: Renforcer encore les contrôles d'environnement structurel, de pose du ligand et de transfert des restraints, tout en séparant construction du système, autorisation MD et jugement scientifique.

Projet communautaire non officiel. Il n'est ni affilié à CHARMM-GUI, à l'Im Lab ou à Lehigh University, ni approuvé par eux.

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02Recherche

Protéines, petites molécules et calcul

« La matière vivante échappe à la dégradation vers l'équilibre. »
— Erwin SchrödingerQu'est-ce que la vie ?

Mes recherches actuelles portent sur la découverte de médicaments assistée par l'IA (AIDD). J'étudie les interactions possibles entre petites molécules et protéines, et la façon dont les comparaisons computationnelles peuvent orienter le choix de candidats à tester.

Une protéine peut adopter différentes conformations, et plusieurs poses de liaison peuvent être proposées pour une même molécule. Je m'intéresse à l'effet de ces choix sur la comparaison : quels contacts changent, une pose reste-t-elle plausible pendant la simulation, et différentes méthodes soutiennent-elles la même interprétation ?

Génération moléculaire, criblage virtuel, docking et dynamique moléculaire apportent des informations différentes. Leur interprétation demande de pouvoir consulter les structures d'entrée, les paramètres et les décisions de sélection. Un candidat doit aussi pouvoir être synthétisé ou acheté et évalué par un test adapté. Les scores et les trajectoires seuls n'établissent ni liaison, ni activité, ni mécanisme.

Conformations protéiques et contacts moléculaires

Question de recherche

Une pose de liaison proposée pour une petite molécule reste-t-elle plausible lorsque la protéine change de conformation ?

Les éléments à prendre en compte

Comparer la géométrie de la poche et les contacts moléculaires aide à comprendre pourquoi une prédiction dépend d'une structure donnée. Le passage à l'expérience cellulaire ajoute la concentration, les membranes, le métabolisme et les molécules concurrentes.

Choisir les candidats à tester

Question de recherche

Sur quels critères établir les priorités lorsque seuls quelques composés peuvent être testés ?

Les éléments à prendre en compte

Les scores de docking ne sont qu'un critère. La plausibilité chimique, la diversité structurale, l'accord entre méthodes et la disponibilité des composés déterminent aussi l'utilité d'une sélection pour l'équipe expérimentale.

Reproduire une comparaison computationnelle

Question de recherche

Une autre personne peut-elle retrouver la structure, les paramètres et les critères qui ont conduit à retenir un candidat ?

Les éléments à prendre en compte

La préparation des structures, les versions des logiciels, les calculs échoués et les choix manuels peuvent modifier une comparaison. Les consigner permet de refaire le calcul et d'examiner pourquoi deux exécutions divergent.

03Parcours de recherche

De l'écologie, des insectes et des omiques à l'AIDD

« Dans la nature, rien n'existe seul. »
— Rachel CarsonPrintemps silencieux

01Aujourd'hui
AIDD et conception moléculaire
Mes recherches actuelles se concentrent sur les protéines, les petites molécules et la chimie computationnelle. Elles associent génération moléculaire, criblage virtuel, docking et dynamique moléculaire pour comparer des interactions possibles et des composés candidats.
La suite expérimentale fait partie de la question : quels composés peut-on obtenir, que faut-il mesurer et quelles autres explications faut-il tester ?
02Transition computationnelle
AI for Biology et méthodes computationnelles
Le passage des omiques à l'AIDD a déplacé le centre de mon travail computationnel vers les structures protéiques et les petites molécules. Préparer les structures, comparer les candidats et analyser les simulations sont devenus des tâches centrales.
Ce travail relie ma formation en biologie et en génomique à la biologie structurale et à la chimie. Les questions portent désormais aussi sur la géométrie et les interactions moléculaires, au-delà des variations dans les données biologiques.
03Fondations antérieures
Génomique évolutive et multi-omique
Mes travaux antérieurs touchent à la génomique évolutive, à la transcriptomique, à l'épigénétique et à l'hétérosis. Ces domaines examinent les liens entre variation génétique, régulation des gènes et différences phénotypiques.
L'interprétation d'une comparaison omique demande de prendre en compte la composition des échantillons, les effets de lot et l'annotation. Ces conditions comptent pour juger si une différence soutient une explication biologique.
04Organismes et comportement
Insectes, comportement et adaptation
Les insectes et le comportement font également partie de mon parcours. À cette échelle, les questions concernent l'organisme entier et les relations entre comportement, développement et conditions environnementales.
Une mesure comportementale demande un contexte : ce qui a été mesuré, dans quelles conditions, et quels autres comportements pourraient produire une valeur similaire.
05Formation en écologie
Écologie, biodiversité et systèmes vivants
L'écologie fait partie de mon parcours antérieur, avec un intérêt pour la biodiversité. Elle considère les organismes dans leurs relations avec les autres espèces, les ressources et les changements environnementaux.
Mon attention actuelle aux molécules s'inscrit dans cette formation biologique plus large. Les études moléculaires, organismiques et écologiques abordent différentes parties d'une question biologique et demandent des preuves de nature différente.

04À propos

I Am What I Am

« On ne peut pas relier les points en regardant vers l'avenir ; on ne peut les relier qu'en regardant en arrière. »
— Steve Jobs

Un autoportrait assez improbable.

En dehors de la recherche, je m'intéresse à la photographie, au café et à l'argentique. Je développe aussi deux apps indépendantes : YanMore Grind et FilmDevMonitor.

Sur une photo, une cigale vient de sortir de son enveloppe ; ses ailes fines ne sont pas encore entièrement déployées. Sur une autre, la lumière dorée atteint la neige sur une crête, tandis que la vallée reste bleue. La photographie me permet de regarder de près des détails aussi différents.

Le café est aussi le sujet de YanMore Grind. Un nouveau paquet demande souvent de régler à nouveau le moulin. L'app rassemble réglages, résultats et notes de dégustation pour retrouver plus facilement un essai précédent.

FilmDevMonitor concerne une autre étape de la photographie : le développement du film. Procédé, chimie, température, agitation et minuteur sont réunis, avec les sources et les consignes de sécurité à proximité de l'étape en cours.

Pourquoi un homard ?

J'aime l'absurdité de chevaucher un homard géant au milieu d'une tempête. C'est un autoportrait pour s'amuser, sans grande explication derrière.

05Apps indépendantes

Réglage du café et développement argentique

« Reconnaître le besoin est la première condition du design. »
— Charles Eames

01Disponible sur iPhone, iPad et Mac · Interface multilingue

YanMore Grind

Trouver un réglage de départ, noter l’extraction et retrouver une recette appréciée.

Un espresso aujourd’hui, un filtre demain, avec le même café. Une note d’agrume et une finale sèche peuvent se noter séparément. La 2.3.1 enrichit la roue des arômes, ajoute le rachat d’un café et précise les limites Free / Pro du réglage et de l’espace café.

La version 2.3.1 a été soumise à validation ; la version publique sur l’App Store est la 2.3.0 (vérification du 19/10/2026).

YanMore Grind — Conseil de mouture — Conseil de mouture

YanMore Grind — Calendrier du café — Calendrier du café

YanMore Grind — Historique sur Mac — Historique sur Mac

02Publication App Store en préparation · interface multilingue

FilmDevMonitor

Une fois le développement lancé, garder chimie, température, agitation, chronométrage et prochaine action sur le même écran.

FilmDevMonitor affiche le procédé ordonné, le minuteur et les commandes de l'étape active. — Suivre l'étape active

Vérifications de préparation FilmDevMonitor avant de commencer, en affichage sombre. — Vérifier avant de commencer

Écran de préparation des bains FilmDevMonitor avec références du procédé et consignes de sécurité. — Préparer les bains

Réglages FilmDevMonitor pour le procédé, le film, la cuve, le format, l'agitation et le volume de travail. — Configurer les conditions

06Photographie

Insectes, paysages et ciel nocturne

« On ne prend pas une photographie, on la fait. »
— Ansel Adams

Voie lactée au-dessus des champs en terrasses et des lumières des terres rouges de Dongchuan.

Des personnes en rouge marchent sur des pontons ramifiés dans une zone humide.

Une cigale fraîchement émergée se tient la nuit près de son exuvie sur une branche.

01 / 03

La Voie lactée au-dessus des terres rouges

La Voie lactée se lève au-dessus des collines de Dongchuan ; terrasses et lumières des villages restent visibles au sol.

Terres rouges de Dongchuan

02 / 03

Bifurcations

Vus d'en haut, les pontons se séparent puis se rejoignent dans la zone humide ; des silhouettes rouges partent dans plusieurs directions.

2025

03 / 03

Émergence de la cigale

Une cigale fraîchement émergée reste près de son exuvie ; ses ailes transparentes ne sont pas encore complètement déployées.

Observation animale

Un lac alpin bleu vif entouré de sommets escarpés et de pentes vertes. — **Le lac des sommets**Un lac bleu repose dans une vallée ceinturée de pics rocheux ; les prairies de rive apportent l'été à la haute montagne.Paysage de haute montagne

Voie lactée et traces de météores au-dessus d'un champ nocturne d'œillets d'Inde orange. — **Les Perséides au-dessus des œillets d'Inde**La Voie lactée et les météores passent au-dessus d'un champ d'œillets d'Inde orange qui éclaire le premier plan nocturne.Champ d'œillets d'Inde

Des fourmis se déplacent dans les chambres ramifiées d'un nid artificiel clair. — **Différenciation et coopération**Plusieurs fourmis occupent des chambres différentes ; les galeries courbes relient leurs déplacements.Observation biologique

Lumière dorée sur des sommets enneigés au-dessus d'une vallée bleu profond. — **Soleil d'or sur les sommets**La lumière ne touche que les plus hauts sommets enneigés ; vallée et reliefs proches restent dans l'ombre bleue.Photographie de montagne

07Contact

Me contacter

Vous pouvez m'écrire au sujet de recherches publiées, de questions en calcul et en biologie, ou de café, d'argentique et de photographie. Les questions sur les apps sont également bienvenues.

Liao_Chenyan@yeah.net

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Photographie

lncRNAs contribute to caste differentiation as a regulatory layer in ants

La question étudiée

Ma contribution

CHARMM-GUI System Builder

Conformations protéiques et contacts moléculaires

Choisir les candidats à tester

Reproduire une comparaison computationnelle

AIDD et conception moléculaire

AI for Biology et méthodes computationnelles

Génomique évolutive et multi-omique

Insectes, comportement et adaptation

Écologie, biodiversité et systèmes vivants

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FilmDevMonitor

La Voie lactée au-dessus des terres rouges

Bifurcations

Émergence de la cigale