Workflow scientifique et outil open source
CHARMM-GUI System Builder
Un skill d'AI Agent qui consigne séparément les entrées CHARMM-GUI, les tâches web, la reprise des téléchargements et la vérification des fichiers GROMACS.
- Version publique actuelle
- v2.2.0 Audit Closure and Stage Handoff Edition
- Licence
- AGPL-3.0
- Statut
- Projet public et communautaire non officiel
Projet communautaire non officiel. Il n'est ni affilié à CHARMM-GUI, à l'Im Lab ou à Lehigh University, ni approuvé par eux.
01 / Vue d'ensemble
Un téléchargement terminé n'est pas encore un système prêt à simuler.
Préparer une protéine membranaire avec CHARMM-GUI passe par la structure d'entrée, les formulaires web, les tâches backend, le téléchargement, l'extraction de l'archive et les topologies GROMACS. Un voyant vert à une étape ne répond pas pour les suivantes.
Le skill consigne donc séparément les paramètres soumis, l'état de la tâche web, la nature réelle du téléchargement — archive ou page d'erreur HTML — et la cohérence des fichiers GRO, TOP, ITP et MDP. Ce n'est pas un nouveau moteur de dynamique et il ne remplace pas CHARMM-GUI.
02 / Pourquoi il existe
Tâches web, paquets téléchargés et topologies échouent à des endroits différents.
Une page peut sembler prête sans avoir été soumise ; le backend peut finir pendant que le téléchargement échoue ; un fichier nommé `.tar.gz` peut contenir du HTML ; des fichiers GROMACS lisibles ne prouvent pas que les paramètres d'un ligand ont rejoint la topologie finale.
Le skill ne recouvre pas ces différences d'une seule coche verte. L'état web exige des traces web, l'état du fichier des contrôles de type et d'intégrité, la topologie une inspection des composants. L'entrée en production MD reste une décision humaine séparée.
03 / Fonctions
De la structure d'entrée au paquet GROMACS.
- 01
Auditer les entrées PDB, SDF, MOL2 et les paramètres de ligand.
- 02
Consigner paramètres web, URL, captures et état de la tâche.
- 03
Vérifier orientation membranaire, dimensions, proportions lipidiques et ions.
- 04
Distinguer running, stalled, backend complete et attente d'une action humaine.
- 05
Reprendre un téléchargement interrompu en conservant les traces.
- 06
Identifier tar, tar.gz, page d'erreur HTML, paquet endommagé et téléchargement incomplet.
- 07
Valider GRO, TOP, ITP, MDP et les composants du système.
- 08
Vérifier que des paramètres de ligand personnalisés atteignent réellement la topologie GROMACS finale.
- 09
Distinguer lipides, ions, cofacteurs et composants de poche résolus dans la structure du matériau membranaire ordinaire.
- 10
Suivre la conservation de la pose du ligand pendant le nettoyage, l'orientation, l'assemblage et la conversion finale.
- 11
Vérifier fichiers de restraints, macros, calendrier de libération pendant l'équilibration et état de production attendu.
- 12
Clore l'étape 2 par audit en lecture seule, verrouillage explicite et vérification indépendante du Receipt 2.0.
- 13
Empêcher qu'un contrôle technique de fichiers soit présenté comme prêt pour la production.
04 / Environnements Agent pris en charge
Les mêmes contrôles peuvent être exécutés par différents agents.
La version publique fournit des adaptateurs pour les environnements suivants tout en conservant la même liste de contrôle et les mêmes conditions de reprise humaine.
- Codex
- Claude Code
- OpenClaw / Javis
- Hermes Agent
- Autres clients compatibles Agent Skills
Sans contrôle du navigateur ni reprise humaine, le skill s'arrête à l'étape web. Il ne transforme pas « impossible à exécuter » en « terminé ».
05 / Limite scientifique
Des fichiers complets n'autorisent pas une simulation de production.
L'étape 2 établit seulement la cohérence des entrées, des traces et des fichiers de sortie. Elle ne décide ni de la protonation, ni de la composition membranaire, ni des paramètres de ligand, et n'autorise pas la MD au seul motif qu'une topologie se prétraite.
- N'attribue pas automatiquement Production_Approved.
- N'exécute pas gmx mdrun.
- N'utilise pas gmx grompp -maxwarn pour masquer les problèmes de topologie.
- Ne choisit pas à la place du chercheur la membrane, la protonation, la segmentation protéique ou les paramètres de ligand.
- Ne décrit pas une structure préparée comme preuve d'un site de liaison.
production_ready=false · md_execution_allowed=false · no_mdrun=trueAvant la production, une personne experte vérifie encore l'identité moléculaire, la protonation, les paramètres de ligand, l'orientation membranaire, le prétraitement topologique et la plausibilité du système entier.
06 / Origine et remerciements
Le projet est né de constructions membranaires réellement bloquées.
Le coût vient souvent moins du formulaire initial que de la reprise d'une longue tâche, de la question d'un backend achevé malgré un téléchargement raté, et de la vérification du paquet enfin obtenu. Le projet transforme ces problèmes récurrents en contrôles exécutables.
La version publique ne conserve que les méthodes réutilisables. Molécules non publiées, Job ID internes, structures privées, chemins locaux et identifiants d'exécution n'entrent ni dans le dépôt ni sur cette page.
Developed with research guidance from Nian Yin and computational workflow support from NianLab.
07 / Liens publics