Flusso di lavoro per la ricerca e strumento di scienza aperta
CHARMM-GUI System Builder
Una competenza per agenti IA che registra come passaggi distinti i controlli degli input CHARMM-GUI, i processi nel browser, il recupero dei download e la validazione dei file GROMACS.
- Versione pubblica attuale
- v2.2.0 Audit Closure and Stage Handoff Edition
- Licenza
- AGPL-3.0
- Stato
- Progetto pubblico non ufficiale della comunità
Un progetto non ufficiale della comunità, non affiliato né approvato da CHARMM-GUI, Im Lab o Lehigh University.
01 / Panoramica
Un download completato non è ancora un sistema pronto per la simulazione.
Preparare un sistema di proteina di membrana con CHARMM-GUI richiede una struttura iniziale, moduli nel browser, processi lato server, download, estrazione degli archivi e controlli della topologia GROMACS. Un esito positivo in un passaggio non garantisce quelli successivi.
Questa competenza registra ogni parte separatamente: parametri inviati, punto di arresto del processo nel browser, natura del download, archivio o pagina di errore HTML, e coerenza dei file GRO, TOP, ITP e MDP. Non è un nuovo motore di dinamica e non sostituisce CHARMM-GUI.
02 / Perché è nato
Processi nel browser, pacchetti scaricati e topologie possono fallire in punti diversi.
Una pagina può sembrare pronta senza essere stata inviata; il server può finire mentre il download nel browser fallisce; un file chiamato `.tar.gz` può contenere un errore HTML; file GROMACS leggibili non dimostrano che i parametri personalizzati del ligando siano arrivati alla topologia finale.
La competenza non nasconde queste differenze dietro un'unica spunta verde. Lo stato del browser è documentato dai suoi registri, quello dei file dai controlli di tipo e integrità, quello della topologia dall'esame dei componenti. Decidere se il sistema debba passare alla MD di produzione resta una scelta umana distinta.
03 / Funzionalità
Dalla struttura originale al pacchetto GROMACS.
- 01
Verifica gli input PDB, SDF, MOL2 e dei parametri del ligando.
- 02
Registra parametri del browser, URL, schermate e stato dei processi.
- 03
Controlla orientamento della membrana, dimensioni del sistema, rapporti lipidici e impostazioni degli ioni.
- 04
Distingui tra esecuzione in corso, arresto, completamento lato server e attesa dell'invio umano del passaggio successivo.
- 05
Recupera i download interrotti nel browser conservando le evidenze.
- 06
Identifica tar, tar.gz, pagine di errore HTML, pacchetti danneggiati e download incompleti.
- 07
Valida GRO, TOP, ITP, MDP e i componenti del sistema.
- 08
Verifica che i parametri personalizzati del ligando siano realmente inclusi nella topologia GROMACS finale.
- 09
Usa un registro dell'ambiente strutturale per distinguere il materiale generale della membrana da lipidi, ioni, cofattori e componenti della tasca risolti nella struttura.
- 10
Registra le evidenze di conservazione della posa durante pulizia, orientamento, assemblaggio e conversione finale delle coordinate.
- 11
Verifica file dei vincoli, macro, programmi di rilascio dei vincoli durante l'equilibrazione e stato previsto per la produzione, trasferendo alla fase successiva i requisiti ancora irrisolti.
- 12
Concludi Stage 2 con una verifica separata in sola lettura, un blocco esplicito e una verifica indipendente di Receipt 2.0.
- 13
Impedisci che il superamento tecnico dei controlli sui file venga dichiarato come idoneità alla produzione.
04 / Supporto per diversi agenti
Gli stessi controlli possono essere eseguiti da diversi client per agenti.
La versione pubblica offre adattatori per i seguenti ambienti, mantenendo invariati l'elenco dei controlli e le condizioni di subentro.
- Codex
- Claude Code
- OpenClaw / Javis
- Hermes Agent
- Altri client compatibili con Agent Skills
Quando l'ambiente di esecuzione non permette il controllo del browser né l'intervento umano, la competenza si ferma al passaggio nel browser. Non trasforma «impossibile eseguire» in «completato».
05 / Limiti scientifici
File completi non autorizzano una simulazione di produzione.
I controlli di Stage 2 stabiliscono che input, registri e file di output sono coerenti. Non decidono se protonazione, composizione della membrana o parametri del ligando siano scientificamente appropriati e non autorizzano la MD solo perché una topologia può essere preprocessata.
- Non assegna automaticamente Production_Approved.
- Non esegue gmx mdrun.
- Non usa gmx grompp -maxwarn per nascondere problemi di topologia.
- Non sceglie composizione della membrana, protonazione, segmentazione proteica o parametri del ligando al posto del ricercatore.
- Non presenta una struttura preparata come prova del sito di legame.
production_ready=false · md_execution_allowed=false · no_mdrun=truePrima della produzione, un esperto deve comunque esaminare identità molecolare, protonazione, parametri del ligando, orientamento della membrana, preprocessing della topologia e plausibilità dell'intero sistema.
06 / Origini e ringraziamenti
È nato da preparazioni di membrane che si erano realmente bloccate.
La parte costosa della preparazione di una membrana spesso non è compilare un modulo una volta, ma sapere come riprendere un processo lungo, se un download fallito nasconde un'attività completata sul server e se il pacchetto finalmente arrivato è integro. Il progetto trasforma questi problemi ricorrenti in controlli eseguibili.
La versione pubblica conserva solo metodi riutilizzabili. Molecole specifiche non pubblicate, ID interni dei processi, strutture private, percorsi locali e credenziali di esecuzione non vengono inclusi nel repository né in questa pagina.
Sviluppato con la guida scientifica di Nian Yin e il supporto di NianLab per i flussi di lavoro computazionali.
07 / Collegamenti pubblici