Liao Chenyan

Scienze della vita · chimica computazionale · software indipendente

Liao Chenyan

Liao Chenyan

Mi occupo di scoperta di farmaci assistita dall'IA, studiando proteine e piccole molecole con metodi computazionali.

In precedenza mi sono occupato di ecologia, comportamento degli insetti e genomica. Questo sito raccoglie i miei lavori pubblicati, due app che sviluppo e fotografie di insetti, montagne e cielo notturno.

Ecologia e comportamento degli insetti → genomica e regolazione → IA per la biologia → progettazione molecolare

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Di seguito sono elencati articoli e progetti a codice aperto, con collegamenti ai lavori originali.

01Lavori selezionati

Articoli e progetti a codice aperto

«Il primo principio è che non devi ingannare te stesso, e sei la persona più facile da ingannare.»

— Richard Feynman«La scienza del culto del cargo»
Articolo sottoposto a revisione tra pariCommunications Biology · 2026

lncRNAs contribute to caste differentiation as a regulatory layer in ants

Ding, G., Lin, F., Zheng, J. et al. Communications Biology (2026)

La domanda di questo lavoro

Regine e operaie possono condividere sostanzialmente lo stesso genoma, ma sviluppare corpi diversi e svolgere compiti molto differenti. Analizzando i trascrittomi dello sviluppo della formica faraone e di una formica tagliafoglie, lo studio identifica lncRNA la cui espressione preferenziale per casta diventa progressivamente canalizzata, collegando poi questi profili a reti di geni codificanti proteine specifiche dei tessuti, esperimenti di interferenza dell'RNA e risposte all'ormone giovanile.

Il mio contributo

Ho contribuito a diverse parti dell'analisi bioinformatica.

Pubblicato

DOI: 10.1038/s42003-026-10839-z

Leggi l'articolo
Lavoro di ricerca a codice apertov2.2.0 · AGPL-3.0

CHARMM-GUI System Builder

Una competenza per agenti IA che controlla gli input dei sistemi di membrana in CHARMM-GUI, recupera processi interrotti, identifica i pacchetti scaricati e verifica i file GROMACS.

Problema
Una pagina completata nel browser, un download completato e una topologia GROMACS verificata sono tre stati distinti; nessuno dimostra gli altri due.
Il contributo di Liao
Ha trasformato controlli degli input, registrazione dei processi nel browser, recupero dei processi lunghi, identificazione degli archivi ed esame dei file GROMACS in passaggi che un agente può eseguire uno alla volta.
Evidenze pubbliche
Versione v2.2.0 su GitHub, codice sorgente AGPL-3.0 e documentazione pubblica; il repository pubblico contiene 130 test e pubblica controlli di approvazione per ambiente strutturale, conservazione della posa, trasferimento dei vincoli e chiusura Receipt 2.0.
Limiti
Un progetto non ufficiale della comunità che non sostituisce CHARMM-GUI, non esegue simulazioni di produzione e non approva automaticamente un sistema per la MD di produzione.
Direzione attuale
Continuare a rafforzare i controlli sull'ambiente strutturale, sulla posa del ligando e sul trasferimento dei vincoli, mantenendo separate preparazione del sistema, autorizzazione alla MD e valutazione scientifica.

Un progetto non ufficiale della comunità, non affiliato né approvato da CHARMM-GUI, Im Lab o Lehigh University.

Leggi i dettagli del progettoGitHub
02Prospettiva di ricerca

Proteine, piccole molecole e calcolo

«La materia vivente sfugge al decadimento verso l'equilibrio.»

— Erwin SchrödingerChe cos'è la vita?

Attualmente mi occupo di scoperta di farmaci assistita dall'IA (AIDD). Studio come le piccole molecole potrebbero interagire con le proteine e come i confronti computazionali possano aiutare a selezionare candidati per gli esperimenti.

Una proteina può assumere conformazioni diverse e per la stessa molecola possono essere proposte più pose di legame. Mi interessa come queste scelte influenzino un confronto: quali contatti cambiano, se una posa resta plausibile durante una simulazione e se metodi diversi sostengono la stessa interpretazione.

Generazione molecolare, screening virtuale, docking e dinamica molecolare forniscono informazioni di natura diversa. Per interpretarne i risultati, strutture iniziali, parametri e decisioni di selezione devono essere disponibili per l'esame. Un candidato richiede inoltre una via praticabile alla sintesi o all'acquisto e un saggio adeguato. Punteggi computazionali e traiettorie, da soli, non dimostrano legame, attività o meccanismo.

01

Conformazioni proteiche e contatti molecolari

Domanda di ricerca

Se la proteina cambia conformazione, una posa di legame proposta per una piccola molecola resta plausibile?

Cosa comporta il confronto

Confrontare la geometria della tasca e i contatti molecolari può rivelare perché una previsione dipende da una determinata struttura. Concentrazione, membrane, metabolismo e molecole concorrenti introducono ulteriori condizioni nel passaggio da un modello strutturale a un esperimento cellulare.

02

Scegliere candidati per gli esperimenti

Domanda di ricerca

Quando si può testare solo un numero limitato di composti, cosa dovrebbe determinarne la priorità?

Cosa comporta il confronto

I punteggi di docking sono solo una parte della decisione. Plausibilità chimica, diversità strutturale, concordanza tra metodi e disponibilità dei composti determinano anch'esse l'utilità di una lista ristretta per un gruppo sperimentale.

03

Riprodurre un confronto computazionale

Domanda di ricerca

Un'altra persona può risalire da un candidato selezionato alla sua struttura, alle impostazioni e ai criteri di selezione?

Cosa comporta il confronto

Preparazione delle strutture, versioni del software, esecuzioni fallite e selezioni manuali possono tutte modificare un confronto. Registrarle permette di ripetere il calcolo e capire perché due esecuzioni non concordano.

03Percorso di ricerca

Da ecologia, insetti e omiche all'AIDD

«In natura, nulla esiste da solo.»

— Rachel CarsonPrimavera silenziosa
  1. 01Direzione attuale

    AIDD e progettazione molecolare

    La mia ricerca attuale si concentra su proteine, piccole molecole e chimica computazionale. Riunisce generazione molecolare, screening virtuale, docking e dinamica molecolare per confrontare possibili interazioni e composti candidati.

    La verifica sperimentale resta parte della domanda: quali composti si possono ottenere, cosa va misurato e quali spiegazioni alternative vanno testate?

  2. 02Transizione computazionale

    IA per la biologia e metodi computazionali

    Il passaggio dalle omiche all'AIDD ha spostato il centro del mio lavoro computazionale verso strutture proteiche e piccole molecole. La preparazione delle strutture, il confronto dei candidati e l'analisi delle simulazioni sono diventati attività centrali.

    Questo lavoro collega la mia formazione in biologia e genomica alla biologia strutturale e alla chimica. Le domande riguardano ora la geometria e le interazioni molecolari, oltre alla variabilità dei dati biologici.

  3. 03Basi precedenti

    Genomica evolutiva e multiomica

    I miei lavori precedenti comprendono genomica evolutiva, trascrittomica, epigenetica ed eterosi. Questi ambiti studiano come la variazione genetica e la regolazione genica siano legate alle differenze fenotipiche.

    Interpretare un confronto omico richiede attenzione alla composizione dei campioni, agli effetti di lotto e all'annotazione. Queste condizioni contano quando si valuta se una differenza sostenga una spiegazione biologica.

  4. 04Organismi e comportamento

    Insetti, comportamento e adattamento

    Anche insetti e comportamento fanno parte del mio percorso di ricerca. A questa scala, le domande riguardano organismi interi e il rapporto tra comportamento, sviluppo e condizioni ambientali.

    Una misura comportamentale ha bisogno del suo contesto: cosa è stato misurato, in quali condizioni e quali altri comportamenti potrebbero produrre un valore simile.

  5. 05Formazione ecologica

    Ecologia, biodiversità e sistemi viventi

    L'ecologia fa parte del mio precedente percorso di ricerca, insieme all'interesse per la biodiversità. Studia gli organismi in relazione ad altre specie, alle risorse e ai cambiamenti ambientali.

    Il mio attuale interesse per le molecole si inserisce in questo più ampio percorso biologico. Studi molecolari, organismici ed ecologici affrontano parti diverse di una domanda biologica e richiedono evidenze di natura diversa.

04Chi sono

I Am What I Am

«Non puoi unire i puntini guardando avanti; puoi farlo solo guardando indietro.»

— Steve Jobs
Un autoritratto surreale di Liao Chenyan che cavalca un'aragosta gigante in un mare in tempesta.
Un autoritratto piuttosto improbabile.

Fuori dalla ricerca, mi interessano fotografia, caffè e pellicola. Sviluppo anche due app indipendenti: YanMore Grind e FilmDevMonitor.

01

In una fotografia, una cicala appena emersa riposa accanto alla sua esuvia, con le ali sottili ancora in fase di distensione. In un'altra, la luce dorata raggiunge la neve su una cresta montuosa mentre la valle resta blu. La fotografia mi permette di osservare da vicino dettagli tanto diversi.

02

Il caffè è anche il tema di YanMore Grind. Una nuova confezione di chicchi richiede spesso di regolare di nuovo il macinacaffè; l'app riunisce impostazioni, risultati delle preparazioni e note di degustazione, rendendo più facile ritrovare un tentativo precedente.

03

FilmDevMonitor riguarda un altro aspetto della fotografia: lo sviluppo della pellicola. Riunisce processo, bagni chimici, temperatura, agitazione e timer in una schermata, con fonti e note di sicurezza pertinenti accanto al passaggio in corso.

Perché un'aragosta?

Mi piace l'assurdità di cavalcare un'aragosta gigante in una tempesta. È un autoritratto giocoso, senza grandi spiegazioni dietro.

05Prodotti indipendenti

Calibrazione del caffè e sviluppo della pellicola

«Riconoscere il bisogno è la condizione primaria della progettazione.»

— Charles Eames
01Disponibile per iPhone, iPad e Mac · Interfaccia multilingue

YanMore Grind

Trova una macinatura iniziale, registra la preparazione e conserva la ricetta che ti è piaciuta.

Oggi espresso, domani filtro, dallo stesso sacchetto. Un aroma di agrumi e un finale asciutto si possono annotare separatamente. La 2.3.1 amplia la ruota degli aromi, aggiunge il riacquisto e chiarisce Free e Pro per calibrazione e banco di lavoro del caffè.

La 2.3.1 è stata inviata in revisione; sull’App Store è pubblica la 2.3.0 (verifica del 19/10/2026).

Scopri di più
YanMore Grind — Indicazioni di macinatura
Indicazioni di macinatura
YanMore Grind — Calendario del caffè
Calendario del caffè
YanMore Grind — Archivio dei caffè su iPad
Archivio dei caffè su iPad
02In preparazione per il rilascio su App Store · Interfaccia multilingue

FilmDevMonitor

Una volta iniziato lo sviluppo, tieni bagni chimici, temperatura, agitazione, tempi e prossima azione nella stessa schermata.

Scopri di più
Schermata di monitoraggio delle fasi di FilmDevMonitor con processo ordinato, timer e comandi operativi.
Segui la fase in corso
Schermata scura di FilmDevMonitor con i controlli da eseguire prima di avviare il processo.
Verifica che tutto sia pronto prima di iniziare
Schermata di preparazione dei reagenti di FilmDevMonitor con riferimenti al processo e informazioni sulla sicurezza.
Prepara i reagenti con le informazioni necessarie
Impostazioni di FilmDevMonitor per processo, pellicola, tank, formato, agitazione e volume di lavoro.
Configura le condizioni di lavoro
06Fotografia

Insetti, paesaggi e cielo notturno

«Una fotografia non la scatti, la crei.»

— Ansel Adams
01 / 03

Via Lattea sulla terra rossa

La Via Lattea sorge sopra le colline di Dongchuan, mentre sotto restano visibili i terrazzamenti e le luci dei villaggi.

Dongchuan Red Land
02 / 03

Sentieri che si biforcano

Vista dall'alto, una passerella si divide e si ricongiunge sopra la zona umida, mentre persone vestite di rosso procedono in direzioni diverse.

2025
03 / 03

Sfarfallamento

Una cicala appena emersa resta accanto alla sua esuvia, con le ali trasparenti non ancora del tutto distese.

Institute of Zoology
Lago sotto le vetteUn lago azzurro si trova in una valle di vette rocciose, con erba estiva lungo la riva.Paesaggio d'alta quota
Perseidi sopra i tagetiLa Via Lattea e le scie delle meteore passano sopra un campo di tageti, i cui fiori arancioni illuminano il primo piano.Campo di tageti
Differenziazione e collaborazioneDiverse formiche occupano camere separate; passaggi curvi collegano i loro movimenti.Studio biologico
Sentieri che si biforcanoVista dall'alto, una passerella si divide e si ricongiunge sopra la zona umida, mentre persone vestite di rosso procedono in direzioni diverse.2025
Alba sulla montagna dorataLa luce del mattino raggiunge solo le vette innevate più alte; la valle e le creste vicine restano in un'ombra blu profonda.Studio della montagna
07Contatti

Scrivimi

Puoi scrivermi per parlare di ricerche pubblicate, domande tra calcolo e biologia, oppure di caffè, pellicola e fotografia. Sono benvenute anche le domande sulle app.

Liao_Chenyan@yeah.net
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