Ferramenta de fluxo de investigação e ciência aberta
CHARMM-GUI System Builder
Uma skill de agente de IA que regista a verificação de entradas do CHARMM-GUI, as tarefas no navegador, a recuperação de transferências e a validação de ficheiros GROMACS como etapas separadas.
- Versão pública atual
- v2.2.0 Audit Closure and Stage Handoff Edition
- Licença
- AGPL-3.0
- Estado
- Projeto público e não oficial da comunidade
Um projeto não oficial da comunidade. Não está afiliado ao CHARMM-GUI, ao Im Lab ou à Lehigh University, nem tem o seu aval.
01 / Visão geral
Uma transferência concluída ainda não é um sistema pronto para simulação.
Preparar um sistema de proteína de membrana através do CHARMM-GUI envolve uma estrutura de entrada, formulários no navegador, tarefas no servidor, transferências, extração de arquivos e verificações de topologia GROMACS. Um sinal verde numa etapa não atesta as etapas seguintes.
Esta skill regista cada parte separadamente: que parâmetros foram submetidos, onde parou uma tarefa no navegador, se o ficheiro transferido é um arquivo ou uma página de erro HTML e se os ficheiros GRO, TOP, ITP e MDP são coerentes entre si. Não é um novo motor de dinâmica e não substitui o CHARMM-GUI.
02 / Porque existe
As tarefas no navegador, os pacotes transferidos e as topologias falham em pontos diferentes.
Uma página pode parecer pronta sem ter sido submetida; o servidor pode terminar enquanto a transferência no navegador falha; um ficheiro com o nome `.tar.gz` pode conter um erro HTML; e ficheiros GROMACS legíveis não provam que os parâmetros personalizados do ligando chegaram à topologia final.
A skill não disfarça essas diferenças com uma única marca verde. O estado do navegador é sustentado pelos seus registos, o estado dos ficheiros por verificações de tipo e integridade e o estado da topologia pela inspeção dos componentes. Decidir se o sistema deve avançar para dinâmica molecular de produção continua a ser uma decisão humana separada.
03 / Capacidades
Da estrutura original ao pacote GROMACS.
- 01
Auditar as entradas PDB, SDF, MOL2 e de parâmetros de ligandos.
- 02
Registar parâmetros do navegador, URLs, capturas de ecrã e estado da tarefa.
- 03
Verificar a orientação da membrana, as dimensões do sistema, as proporções lipídicas e as definições dos iões.
- 04
Distinguir entre execução em curso, bloqueada, concluída no servidor e à espera de uma pessoa submeter a etapa seguinte.
- 05
Recuperar transferências interrompidas no navegador, preservando as evidências.
- 06
Identificar tar, tar.gz, páginas de erro HTML, pacotes danificados e transferências incompletas.
- 07
Validar GRO, TOP, ITP, MDP e os componentes do sistema.
- 08
Verificar se os parâmetros personalizados do ligando entram efetivamente na topologia GROMACS final.
- 09
Utilizar um registo do ambiente estrutural para distinguir o material de membrana envolvente dos lípidos, iões, cofatores e componentes da cavidade resolvidos na estrutura.
- 10
Registar evidências de preservação da pose ao longo da limpeza, orientação, montagem e conversão final de coordenadas.
- 11
Verificar ficheiros de restrições, macros, planos de libertação de restrições durante o equilíbrio e estado de produção esperado, transmitindo os requisitos pendentes à etapa seguinte.
- 12
Concluir a Stage 2 através de uma auditoria separada apenas de leitura, bloqueio explícito e verificação independente do Receipt 2.0.
- 13
Impedir que a aprovação técnica dos ficheiros seja apresentada como prontidão para produção.
04 / Suporte para diferentes agentes
As mesmas verificações podem ser executadas através de diferentes clientes de agentes.
A versão pública disponibiliza adaptadores para os ambientes seguintes, mantendo a mesma lista de verificação e as mesmas condições de intervenção humana.
- Codex
- Claude Code
- OpenClaw / Javis
- Hermes Agent
- Outros clientes compatíveis com Agent Skills
Quando o ambiente de execução não dispõe de controlo do navegador nem de intervenção humana, a skill para na etapa do navegador. Não transforma «não é possível executar» em «concluído».
05 / Limites científicos
Ficheiros completos não autorizam uma simulação de produção.
As verificações da Stage 2 estabelecem a coerência entre entradas, registos e ficheiros de saída. Não decidem se a protonação, a composição da membrana ou os parâmetros do ligando são cientificamente adequados, nem autorizam dinâmica molecular só porque é possível pré-processar uma topologia.
- Não emite Production_Approved automaticamente.
- Não executa gmx mdrun.
- Não utiliza gmx grompp -maxwarn para ocultar problemas de topologia.
- Não escolhe a composição da membrana, a protonação, a segmentação da proteína ou os parâmetros do ligando pelo investigador.
- Não apresenta uma estrutura preparada como evidência de um local de ligação.
production_ready=false · md_execution_allowed=false · no_mdrun=trueAntes da produção, um especialista continua a rever a identidade molecular, a protonação, os parâmetros do ligando, a orientação da membrana, o pré-processamento da topologia e a plausibilidade de todo o sistema.
06 / Origem e agradecimentos
Nasceu de construções de sistemas de membrana que ficaram efetivamente bloqueadas.
A parte mais dispendiosa da construção de um sistema de membrana não é, muitas vezes, preencher um formulário, mas saber como retomar uma tarefa longa, se uma transferência falhada esconde uma tarefa concluída no servidor e se o pacote que finalmente chegou está intacto. O projeto transforma estes problemas recorrentes em verificações executáveis.
A versão pública conserva apenas métodos reutilizáveis. Moléculas específicas ainda não publicadas, identificadores internos de tarefas, estruturas privadas, caminhos locais e credenciais de execução não entram no repositório nem nesta página.
Desenvolvido com orientação científica de Nian Yin e apoio do NianLab aos fluxos de trabalho computacionais.
07 / Ligações públicas