Liao Chenyan

Ciências da vida · química computacional · software independente

Liao Chenyan

Liao Chenyan

Trabalho na descoberta de fármacos assistida por IA, estudando proteínas e pequenas moléculas com métodos computacionais.

A minha investigação anterior abrangeu ecologia, comportamento de insetos e genómica. Este site reúne os meus trabalhos publicados, duas aplicações que desenvolvo e fotografias de insetos, montanhas e do céu noturno.

Ecologia e comportamento de insetos → genómica e regulação → IA para a biologia → conceção molecular

Explorar trabalhos selecionadosGitHubContacto

Os artigos e projetos de código aberto estão listados abaixo, com ligações para os trabalhos originais.

01Trabalhos selecionados

Artigos e projetos de código aberto

«O primeiro princípio é não se enganar a si próprio, e você é a pessoa mais fácil de enganar.»

— Richard Feynman«Cargo Cult Science»
Artigo revisto por paresCommunications Biology · 2026

lncRNAs contribute to caste differentiation as a regulatory layer in ants

Ding, G., Lin, F., Zheng, J. et al. Communications Biology (2026)

A questão deste trabalho

Rainhas e operárias podem partilhar essencialmente o mesmo genoma e, ainda assim, desenvolver corpos diferentes e realizar tarefas muito distintas. A partir de transcriptomas de desenvolvimento da formiga-faraó e de uma formiga-cortadeira, este estudo identifica lncRNAs cuja preferência de expressão por casta se torna progressivamente canalizada, relacionando depois esses padrões com redes de genes codificantes de proteínas específicas de tecidos, experiências de interferência de RNA e respostas à hormona juvenil.

O meu contributo

Contribuí para várias partes da análise bioinformática.

Publicado

DOI: 10.1038/s42003-026-10839-z

Ler o artigo
Resultado de investigação de código abertov2.2.0 · AGPL-3.0

CHARMM-GUI System Builder

Uma skill de agente de IA para verificar dados de entrada de sistemas de membrana no CHARMM-GUI, recuperar tarefas interrompidas, identificar pacotes transferidos e verificar ficheiros GROMACS.

Problema
Uma página concluída no navegador, uma transferência concluída e uma topologia GROMACS verificada são três estados diferentes; nenhum prova os outros dois.
Contributo de Liao
Transformou verificações de entradas, registo de tarefas no navegador, recuperação de tarefas longas, identificação de arquivos e inspeção de ficheiros GROMACS em etapas que um agente pode executar uma a uma.
Evidências públicas
Versão v2.2.0 no GitHub, código-fonte AGPL-3.0 e documentação pública; o repositório público contém 130 testes e publica critérios de aceitação relativos ao ambiente estrutural, à preservação da pose, à transferência de restrições e à conclusão do Receipt 2.0.
Limites
Um projeto não oficial da comunidade que não substitui o CHARMM-GUI, não executa simulações de produção nem aprova automaticamente um sistema para dinâmica molecular de produção.
Orientação atual
Continuar a reforçar as verificações do ambiente estrutural, da pose do ligando e da transferência de restrições, mantendo separadas a construção do sistema, a autorização de dinâmica molecular e a avaliação científica.

Um projeto não oficial da comunidade. Não está afiliado ao CHARMM-GUI, ao Im Lab ou à Lehigh University, nem tem o seu aval.

Consultar detalhes do projetoGitHub
02Perspetiva de investigação

Proteínas, pequenas moléculas e computação

«A matéria viva escapa à degradação rumo ao equilíbrio.»

— Erwin SchrödingerWhat Is Life?

Atualmente trabalho na descoberta de fármacos assistida por IA (AIDD). Estudo como pequenas moléculas poderão interagir com proteínas e como as comparações computacionais podem ajudar a selecionar candidatos para ensaios experimentais.

Uma proteína pode adotar diferentes conformações, e a mesma molécula pode ter várias poses de ligação propostas. Interessa-me perceber como essas escolhas afetam uma comparação: que contactos mudam, se uma pose continua plausível durante uma simulação e se métodos diferentes sustentam a mesma interpretação.

A geração molecular, o rastreio virtual, o docking e a dinâmica molecular fornecem tipos de informação distintos. Para interpretar os resultados, é necessário poder consultar as estruturas de entrada, os parâmetros e as decisões de seleção. Um candidato também precisa de uma via viável de síntese ou aquisição e de um ensaio adequado. As pontuações e trajetórias computacionais, por si só, não demonstram ligação, atividade ou mecanismo.

01

Conformações proteicas e contactos moleculares

Questão de investigação

Se a proteína mudar de conformação, a pose de ligação proposta para uma pequena molécula continua a fazer sentido?

O que envolve a comparação

Comparar a geometria da cavidade e os contactos moleculares pode revelar por que razão uma previsão depende de uma determinada estrutura. A concentração, as membranas, o metabolismo e as moléculas concorrentes acrescentam outras condições à passagem de um modelo estrutural para uma experiência celular.

02

Selecionar candidatos para experiências

Questão de investigação

Quando só é possível testar um pequeno número de compostos, o que deve determinar a sua prioridade?

O que envolve a comparação

As pontuações de docking são uma parte dessa decisão. A plausibilidade química, a diversidade estrutural, a concordância entre métodos e a disponibilidade dos compostos também influenciam a utilidade de uma lista de candidatos para uma equipa experimental.

03

Reproduzir uma comparação computacional

Questão de investigação

Pode outra pessoa relacionar um candidato selecionado com a sua estrutura, configurações e critérios de seleção?

O que envolve a comparação

A preparação das estruturas, as versões do software, as execuções falhadas e as seleções manuais podem alterar uma comparação. Registá-las permite repetir o cálculo e investigar por que razão duas execuções divergem.

03Percurso de investigação

Da ecologia, dos insetos e das ómicas à AIDD

«Na natureza, nada existe isoladamente.»

— Rachel CarsonSilent Spring
  1. 01Orientação atual

    AIDD e conceção molecular

    A minha investigação atual centra-se em proteínas, pequenas moléculas e química computacional. Reúne geração molecular, rastreio virtual, docking e dinâmica molecular para comparar possíveis interações e compostos candidatos.

    A validação experimental continua a fazer parte da questão: que compostos se podem obter, o que deve ser medido e que explicações alternativas precisam de ser testadas?

  2. 02Transição computacional

    IA para a biologia e métodos computacionais

    A transição das ómicas para a AIDD orientou o meu trabalho computacional para as estruturas proteicas e as pequenas moléculas. A preparação de estruturas, a comparação de candidatos e a análise de simulações tornaram-se tarefas centrais.

    Este trabalho liga a minha formação em biologia e genómica à biologia estrutural e à química. As questões abrangem agora a geometria e as interações moleculares, além da variação nos dados biológicos.

  3. 03Bases anteriores

    Genómica evolutiva e multiómica

    O meu trabalho anterior inclui genómica evolutiva, transcriptómica, epigenética e heterose. Estas áreas estudam a relação da variação genética e da regulação génica com as diferenças de fenótipo.

    Interpretar uma comparação ómica exige atenção à composição das amostras, aos efeitos de lote e à anotação. Estas condições são importantes para decidir se uma diferença sustenta uma explicação biológica.

  4. 04Organismos e comportamento

    Insetos, comportamento e adaptação

    Os insetos e o comportamento também fazem parte do meu percurso de investigação. A esta escala, as questões dizem respeito aos organismos completos e à relação entre comportamento, desenvolvimento e condições ambientais.

    Uma medição comportamental precisa de contexto: o que foi medido, em que condições e que outros comportamentos poderiam produzir um valor semelhante.

  5. 05Bases em ecologia

    Ecologia, biodiversidade e sistemas vivos

    A ecologia faz parte do meu percurso anterior de investigação, a par do interesse pela biodiversidade. Estuda os organismos na sua relação com outras espécies, os recursos e as alterações ambientais.

    O meu atual interesse pelas moléculas insere-se neste contexto biológico mais amplo. Os estudos moleculares, dos organismos e ecológicos abordam partes diferentes de uma questão biológica e exigem tipos de evidência distintos.

04Sobre mim

I Am What I Am

«Não se podem ligar os pontos a olhar para a frente; só se podem ligar a olhar para trás.»

— Steve Jobs
Autorretrato surreal de Liao Chenyan montado numa lagosta gigante, a atravessar um mar tempestuoso.
Um autorretrato bastante improvável.

Fora da investigação, interesso-me por fotografia, café e película fotográfica. Desenvolvo também duas aplicações independentes: YanMore Grind e FilmDevMonitor.

01

Numa fotografia, uma cigarra recém-emergida repousa junto da sua exúvia, com as asas finas ainda a desdobrar-se. Noutra, a luz dourada atinge a neve de uma crista montanhosa enquanto o vale permanece azul. A fotografia permite-me observar de perto detalhes tão diferentes como estes.

02

O café é também o tema do YanMore Grind. Uma nova embalagem de grãos obriga muitas vezes a voltar a ajustar o moinho; a aplicação reúne regulações, resultados de preparação e notas de prova para facilitar a consulta de uma tentativa anterior.

03

O FilmDevMonitor dedica-se a outra vertente da fotografia: a revelação de película. Reúne processo, química, temperatura, agitação e temporizador numa só vista, com as fontes e notas de segurança relevantes junto da etapa atual.

Porquê uma lagosta?

Gosto do absurdo de atravessar uma tempestade montado numa lagosta gigante. É um autorretrato divertido, sem nenhuma grande explicação por trás.

05Produtos independentes

Calibração do café e revelação de película

«Reconhecer a necessidade é a condição primordial para a conceção.»

— Charles Eames
01Disponível para iPhone, iPad e Mac · Interface multilingue

YanMore Grind

Encontre uma moagem inicial, registe a preparação e guarde a receita de que gostou.

Espresso hoje, café filtrado amanhã, com o mesmo pacote. Aroma cítrico e final seco podem ser anotados separadamente. A 2.3.1 amplia a roda de aromas, acrescenta a recompra e esclarece Free e Pro na calibração e na bancada do café.

A versão 2.3.1 foi enviada para análise; a versão pública na App Store é a 2.3.0 (verificado em 19/10/2026).

Saber mais
YanMore Grind — Orientação de moagem
Orientação de moagem
YanMore Grind — Calendário de café
Calendário de café
YanMore Grind — Biblioteca de cafés no iPad
Biblioteca de cafés no iPad
02Em preparação para lançamento na App Store · Interface multilingue

FilmDevMonitor

Quando a revelação começar, mantenha química, temperatura, agitação, tempo e próxima ação no mesmo ecrã.

Saber mais
Monitor de etapas do FilmDevMonitor com processo ordenado, temporizador e controlos de operação.
Acompanhe a etapa ativa
Vista escura de preparação do FilmDevMonitor com verificações antes do início do processo.
Verifique se está tudo pronto antes de começar
Ecrã de preparação de reagentes do FilmDevMonitor com referências do processo e informação de segurança.
Prepare os reagentes com a informação necessária
Definições do FilmDevMonitor para processo, película, tanque, formato, agitação e volume de trabalho.
Configure as condições de trabalho
06Fotografia

Insetos, paisagens e o céu noturno

«Uma fotografia não se tira, faz-se.»

— Ansel Adams
01 / 03

Via Láctea sobre a terra vermelha

A Via Láctea ergue-se sobre as colinas de Dongchuan, enquanto os socalcos e as luzes das aldeias permanecem visíveis em baixo.

Terras Vermelhas de Dongchuan
02 / 03

Caminhos que se bifurcam

Visto de cima, um passadiço divide-se e volta a unir-se sobre a zona húmida, enquanto pessoas vestidas de vermelho seguem em direções diferentes.

2025
03 / 03

Eclosão

Uma cigarra recém-emergida permanece junto da exúvia, com as asas transparentes ainda não totalmente abertas.

Institute of Zoology
Lago sob os picosUm lago azul repousa num vale de picos rochosos, com erva de verão ao longo da margem.Paisagem de altitude
Perseidas sobre os tagetesA Via Láctea e os rastos de meteoros passam sobre um campo de tagetes, cujas flores cor de laranja iluminam o primeiro plano.Campo de tagetes
Diferenciação e colaboraçãoVárias formigas ocupam câmaras separadas, com os seus movimentos ligados por passagens curvas.Estudo biológico
Caminhos que se bifurcamVisto de cima, um passadiço divide-se e volta a unir-se sobre a zona húmida, enquanto pessoas vestidas de vermelho seguem em direções diferentes.2025
Amanhecer na montanha douradaA luz da manhã atinge apenas os picos nevados mais altos; o vale e as cristas próximas permanecem numa sombra azul profunda.Estudo de montanha
07Contacto

Entre em contacto

Pode escrever-me sobre investigação publicada, questões de computação e biologia, ou sobre café, película e fotografia. As perguntas sobre as aplicações também são bem-vindas.

Liao_Chenyan@yeah.net
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