Рабочий процесс исследований и инструмент открытой науки
CHARMM-GUI System Builder
Навык ИИ-агента, который отдельно документирует проверку исходных данных CHARMM-GUI, задания в браузере, возобновление загрузок и проверку файлов GROMACS.
- Текущий публичный выпуск
- v2.2.0 Audit Closure and Stage Handoff Edition
- Лицензия
- AGPL-3.0
- Статус
- Открытый неофициальный проект сообщества
Неофициальный проект сообщества. Он не связан с CHARMM-GUI, Im Lab или Lehigh University и не получил их официального одобрения.
01 / Обзор
Завершённая загрузка ещё не означает готовность системы к моделированию.
Подготовка системы с мембранным белком в CHARMM-GUI включает исходную структуру, формы в браузере, серверные задания, загрузки, распаковку архивов и проверку топологии GROMACS. Успех одного этапа ничего не гарантирует на последующих.
Этот навык фиксирует каждую часть отдельно: какие параметры были отправлены, где остановилось задание в браузере, является ли загруженный файл архивом или HTML-страницей ошибки и согласованы ли файлы GRO, TOP, ITP и MDP. Это не новый движок молекулярной динамики и не замена CHARMM-GUI.
02 / Зачем оно создано
Задания в браузере, загруженные пакеты и топологии могут давать сбои на разных этапах.
Страница может выглядеть готовой, хотя форма ещё не отправлена; серверное задание может завершиться при неудачной загрузке в браузере; файл с именем `.tar.gz` может содержать HTML-ошибку; читаемость файлов GROMACS не доказывает, что пользовательские параметры лиганда вошли в итоговую топологию.
Навык не скрывает эти различия за одной зелёной галочкой. Состояние браузера подтверждается записями его работы, состояние файлов проверками типа и целостности, а состояние топологии проверкой компонентов. Решение о допуске системы к продукционной молекулярной динамике отдельно принимает человек.
03 / Возможности
От исходной структуры до пакета GROMACS.
- 01
Проверка исходных PDB, SDF, MOL2 и параметров лигандов.
- 02
Фиксация параметров в браузере, URL, снимков экрана и состояния задания.
- 03
Проверка ориентации мембраны, размеров системы, соотношений липидов и настроек ионов.
- 04
Различение выполняющегося и остановившегося задания, завершённой серверной обработки и ожидания отправки следующего шага человеком.
- 05
Возобновление прерванных загрузок в браузере с сохранением подтверждающих материалов.
- 06
Распознавание tar, tar.gz, HTML-страниц ошибок, повреждённых пакетов и незавершённых загрузок.
- 07
Проверка GRO, TOP, ITP, MDP и компонентов системы.
- 08
Проверка того, что пользовательские параметры лиганда действительно вошли в итоговую топологию GROMACS.
- 09
Учёт структурного окружения для разграничения основного материала мембраны и липидов, ионов, кофакторов и компонентов кармана, разрешённых в исходной структуре.
- 10
Фиксация подтверждений сохранения позы при очистке, ориентации, сборке и окончательном преобразовании координат.
- 11
Проверка файлов ограничений, макросов, порядка снятия ограничений при уравновешивании и ожидаемого состояния продукционного расчёта с передачей нерешённых задач на следующий этап.
- 12
Закрытие Stage 2 через отдельную проверку без изменений, явную фиксацию состояния и независимую проверку Receipt 2.0.
- 13
Предотвращение подмены успешной технической проверки файлов заявлением о готовности к продукционному расчёту.
04 / Поддержка разных агентов
Одни и те же проверки можно выполнять через разные клиенты агентов.
Публичный выпуск содержит адаптеры для следующих сред, сохраняя единые проверки и условия передачи управления человеку.
- Codex
- Claude Code
- OpenClaw / Javis
- Hermes Agent
- Другие клиенты с поддержкой Agent Skills
Если среда выполнения не поддерживает управление браузером или передачу управления человеку, навык останавливается на браузерном этапе. Он не выдаёт «невозможно выполнить» за «завершено».
05 / Границы научной интерпретации
Полный набор файлов не даёт разрешения на продукционное моделирование.
Проверки Stage 2 устанавливают согласованность исходных данных, записей и выходных файлов. Они не определяют научную обоснованность протонирования, состава мембраны или параметров лигандов и не разрешают запуск MD только потому, что топология проходит препроцессинг.
- Навык не присваивает Production_Approved автоматически.
- Навык не запускает gmx mdrun.
- Навык не использует gmx grompp -maxwarn, чтобы скрыть проблемы топологии.
- Навык не выбирает за исследователя состав мембраны, протонирование, сегментацию белка или параметры лигандов.
- Навык не представляет подготовленную структуру как доказательство существования сайта связывания.
production_ready=false · md_execution_allowed=false · no_mdrun=trueПеред продукционным расчётом эксперт по-прежнему проверяет идентичность молекул, протонирование, параметры лигандов, ориентацию мембраны, препроцессинг топологии и правдоподобность всей системы.
06 / История проекта и благодарности
Проект вырос из реальных случаев, когда сборка мембранных систем останавливалась.
Часто самое затратное в сборке мембранной системы не однократное заполнение формы, а выяснение того, как продолжить долгое задание, не скрывается ли за неудачной загрузкой завершённая серверная задача и цел ли наконец полученный пакет. Проект превращает эти повторяющиеся проблемы в исполняемые проверки.
Публичный выпуск содержит только методы, пригодные для повторного использования. Конкретные неопубликованные молекулы, внутренние идентификаторы заданий, закрытые структуры, локальные пути и учётные данные среды выполнения не попадают ни в репозиторий, ни на эту страницу.
Разработано при научном руководстве Nian Yin и поддержке NianLab в организации вычислительных рабочих процессов.
07 / Открытые ссылки