Liao Chenyan

Науки о жизни · вычислительная химия · независимая разработка ПО

Liao Chenyan

Liao Chenyan

Я занимаюсь поиском лекарственных соединений с помощью ИИ и изучаю белки и малые молекулы вычислительными методами.

Ранее мои исследования были связаны с экологией, поведением насекомых и геномикой. На этом сайте собраны мои опубликованные работы, два приложения, которые я разрабатываю, и фотографии насекомых, гор и ночного неба.

Экология и поведение насекомых → геномика и регуляция → ИИ для биологии → молекулярный дизайн

Избранные работыGitHubКонтакты

Ниже представлены статьи и проекты с открытым исходным кодом со ссылками на оригинальные работы.

01Избранные работы

Статьи и проекты с открытым исходным кодом

«Первое правило: не обманывайте себя, ведь себя обмануть легче всего».

— Richard Feynman«Наука самолётопоклонников»
Рецензируемая статьяCommunications Biology · 2026

lncRNAs contribute to caste differentiation as a regulatory layer in ants

Ding, G., Lin, F., Zheng, J. et al. Communications Biology (2026)

Вопрос этой работы

Матки и рабочие особи могут иметь практически одинаковый геном, но развивать разное строение тела и выполнять совершенно разную работу. На основе транскриптомов разных стадий развития фараонова муравья и муравья-листореза в исследовании выявлены lncRNA, кастовые различия в экспрессии которых постепенно канализируются. Далее эти закономерности сопоставляются с тканеспецифичными сетями белок-кодирующих генов, экспериментами с РНК-интерференцией и ответами на ювенильный гормон.

Мой вклад

Я участвовал в нескольких частях биоинформатического анализа.

Опубликовано

DOI: 10.1038/s42003-026-10839-z

Читать статью
Исследовательская разработка с открытым исходным кодомv2.2.0 · AGPL-3.0

CHARMM-GUI System Builder

Навык ИИ-агента для проверки исходных данных мембранных систем в CHARMM-GUI, возобновления прерванных заданий, определения типа загруженных пакетов и проверки файлов GROMACS.

Задача
Завершённый этап в браузере, завершённая загрузка и проверенная топология GROMACS являются тремя разными состояниями; ни одно из них не подтверждает два других.
Вклад Liao
Проверка исходных данных, фиксация заданий в браузере, возобновление длительных заданий, распознавание архивов и проверка файлов GROMACS преобразованы в шаги, которые агент может выполнять последовательно.
Открытые подтверждающие материалы
Выпуск v2.2.0 на GitHub, исходный код под AGPL-3.0 и открытая документация; публичный репозиторий содержит 130 тестов и описывает обязательные проверки структурного окружения, сохранения позы, передачи ограничений и закрытия по Receipt 2.0.
Ограничения
Неофициальный проект сообщества, который не заменяет CHARMM-GUI, не запускает продукционное моделирование и не одобряет систему для продукционной MD автоматически.
Текущее направление
Дальнейшее усиление проверок структурного окружения, позы лиганда и передачи ограничений при сохранении разделения между сборкой системы, разрешением на MD и научной оценкой.

Неофициальный проект сообщества. Он не связан с CHARMM-GUI, Im Lab или Lehigh University и не получил их официального одобрения.

Подробнее о проектеGitHub
02Исследовательский подход

Белки, малые молекулы и вычисления

«Живая материя избегает распада до состояния равновесия».

— Erwin SchrödingerЧто такое жизнь?

Сейчас я занимаюсь поиском лекарственных соединений с помощью ИИ (AIDD). Я изучаю возможные взаимодействия малых молекул с белками и то, как вычислительные сравнения помогают выбирать кандидатов для экспериментов.

Белок может принимать разные конформации, а для одной молекулы можно предложить несколько поз связывания. Мне интересно, как выбор этих вариантов влияет на сравнение: какие контакты меняются, остаётся ли поза правдоподобной в ходе моделирования и согласуются ли интерпретации, полученные разными методами.

Генерация молекул, виртуальный скрининг, докинг и молекулярная динамика дают разные виды информации. Для интерпретации результатов необходимо иметь возможность проверить исходные структуры, параметры и решения об отборе. Кроме того, кандидат должен быть доступен для синтеза или покупки, а для его проверки нужен подходящий экспериментальный тест. Одни лишь расчётные оценки и траектории не подтверждают связывание, активность или механизм действия.

01

Конформации белков и молекулярные контакты

Исследовательский вопрос

Если белок меняет конформацию, остаётся ли предложенная поза связывания малой молекулы обоснованной?

Что включает сравнение

Сравнение геометрии кармана и молекулярных контактов помогает понять, почему предсказание зависит от конкретной структуры. При переходе от структурной модели к клеточному эксперименту появляются дополнительные условия: концентрация, мембраны, метаболизм и конкурирующие молекулы.

02

Выбор кандидатов для экспериментов

Исследовательский вопрос

Если проверить можно лишь небольшое число соединений, что должно определять приоритет их отбора?

Что включает сравнение

Оценки докинга лишь отчасти определяют это решение. Химическая правдоподобность, структурное разнообразие, согласованность методов и доступность соединений также влияют на то, насколько список кандидатов полезен экспериментальной группе.

03

Воспроизведение вычислительного сравнения

Исследовательский вопрос

Сможет ли другой исследователь проследить путь выбранного кандидата до исходной структуры, настроек и критериев отбора?

Что включает сравнение

Подготовка структур, версии программ, неудачные запуски и ручной отбор могут менять результаты сравнения. Их документирование позволяет повторить расчёт и разобраться в расхождениях между двумя запусками.

03Исследовательский путь

От экологии, насекомых и омиксных исследований к AIDD

«В природе ничто не существует обособленно».

— Rachel CarsonБезмолвная весна
  1. 01Текущее направление

    AIDD и молекулярный дизайн

    Мои текущие исследования сосредоточены на белках, малых молекулах и вычислительной химии. Я объединяю генерацию молекул, виртуальный скрининг, докинг и молекулярную динамику, чтобы сравнивать возможные взаимодействия и соединения-кандидаты.

    Последующая экспериментальная проверка остаётся частью задачи: какие соединения можно получить, что следует измерить и какие альтернативные объяснения нужно проверить?

  2. 02Переход к вычислительным исследованиям

    ИИ для биологии и вычислительные методы

    Переход от омиксных исследований к AIDD сместил фокус моей вычислительной работы к структурам белков и малым молекулам. Основными задачами стали подготовка структур, сравнение кандидатов и анализ результатов моделирования.

    Эта работа связывает мой опыт в биологии и геномике со структурной биологией и химией. Теперь вопросы касаются не только вариаций в биологических данных, но и молекулярной геометрии и взаимодействий.

  3. 03Предшествующий опыт

    Эволюционная геномика и мультиомика

    Мои предыдущие работы охватывают эволюционную геномику, транскриптомику, эпигенетику и гетерозис. Эти направления изучают связь генетической изменчивости и регуляции генов с различиями в фенотипе.

    При интерпретации омиксного сравнения важно учитывать состав выборки, эффекты партий и аннотацию. От этих условий зависит, можно ли считать выявленное различие доводом в пользу биологического объяснения.

  4. 04Организмы и поведение

    Насекомые, поведение и адаптация

    Изучение насекомых и их поведения также входит в мой исследовательский опыт. На этом уровне вопросы касаются целых организмов и связей между поведением, развитием и условиями среды.

    Для поведенческого измерения необходим контекст: что измеряли, в каких условиях и какие другие формы поведения могли бы дать похожее значение.

  5. 05Опыт в экологии

    Экология, биоразнообразие и живые системы

    Экология входит в мой предшествующий исследовательский опыт наряду с интересом к биоразнообразию. Она рассматривает организмы во взаимосвязи с другими видами, ресурсами и изменениями среды.

    Мой нынешний интерес к молекулам опирается на этот более широкий биологический опыт. Молекулярные, организменные и экологические исследования рассматривают разные стороны биологического вопроса и требуют разных видов доказательств.

04Обо мне

I Am What I Am

«Нельзя соединить точки, глядя вперёд; их можно соединить, только оглянувшись назад».

— Steve Jobs
Сюрреалистический автопортрет Liao Chenyan верхом на гигантском омаре в штормовом море.
Довольно необычный автопортрет.

Помимо исследований, я увлекаюсь фотографией, кофе и фотоплёнкой. Я также самостоятельно разрабатываю два приложения: YanMore Grind и FilmDevMonitor.

01

На одном снимке только что вышедшая из оболочки цикада сидит рядом с ней, ещё расправляя тонкие крылья. На другом золотистый свет касается снега на горном хребте, а долина остаётся синей. Фотография позволяет мне внимательно рассматривать такие разные детали.

02

Кофе посвящено и приложение YanMore Grind. Новая пачка зёрен часто требует заново настроить помол; приложение хранит настройки, результаты приготовления и дегустационные заметки вместе, чтобы предыдущую попытку было проще найти.

03

FilmDevMonitor посвящён другой стороне фотографии: проявке плёнки. Он объединяет процесс, растворы, температуру, перемешивание и таймер на одном экране, а рядом с текущим этапом размещает соответствующие источники и замечания по безопасности.

Почему омар?

Мне нравится абсурдная идея нестись сквозь бурю верхом на гигантском омаре. Это шуточный автопортрет без какого-либо глубокого объяснения.

05Собственные продукты

Настройка кофе и проявка плёнки

«Осознание потребности является главным условием дизайна».

— Charles Eames
01Доступно для iPhone, iPad и Mac · Многоязычный интерфейс

YanMore Grind

Подберите начальный помол, запишите результат и сохраните понравившийся рецепт.

Сегодня эспрессо, завтра фильтр из той же пачки. Цитрусовый аромат и сухое послевкусие можно записать отдельно. В 2.3.1 расширено колесо ароматов, добавлена повторная покупка и уточнены границы Free / Pro для настройки и рабочего пространства зерна.

Версия 2.3.1 отправлена на проверку; в открытом App Store доступна 2.3.0 (проверено 19.10.2026).

Подробнее
YanMore Grind — Рекомендации по помолу
Рекомендации по помолу
YanMore Grind — Кофейный календарь
Кофейный календарь
YanMore Grind — Коллекция кофе на iPad
Коллекция кофе на iPad
02Готовится к выпуску в App Store · Многоязычный интерфейс

FilmDevMonitor

Когда проявка началась, держите растворы, температуру, перемешивание, время и следующее действие на одном экране.

Подробнее
Монитор этапа FilmDevMonitor с последовательностью процесса, таймером и элементами управления.
Следите за текущим этапом
Тёмный экран готовности FilmDevMonitor с проверками перед началом процесса.
Проверьте готовность перед запуском
Экран подготовки реактивов FilmDevMonitor с источниками процесса и сведениями по безопасности.
Готовьте реактивы с учётом условий процесса
Настройки FilmDevMonitor для процесса, плёнки, бачка, формата, перемешивания и рабочего объёма.
Задайте условия работы
06Фотография

Насекомые, пейзажи и ночное небо

«Фотографию не снимают, её создают».

— Ansel Adams
01 / 03

Млечный Путь над красной землёй

Млечный Путь поднимается над холмами Дунчуаня, а внизу остаются видны террасы и деревенские огни.

Красные земли Дунчуаня
02 / 03

Развилки

Сверху видно, как деревянный настил расходится и вновь соединяется над заболоченной местностью, пока люди в красном идут в разные стороны.

2025
03 / 03

Выход из оболочки

Только что вышедшая из оболочки цикада остаётся рядом с ней; её прозрачные крылья ещё не расправились полностью.

Институт зоологии
Озеро под вершинамиСинее озеро лежит в долине среди скалистых вершин, а вдоль берега растёт летняя трава.Высокогорный пейзаж
Персеиды над бархатцамиМлечный Путь и следы метеоров проходят над полем бархатцев, чьи оранжевые цветы освещают передний план.Поле бархатцев
Разделение и сотрудничествоНесколько муравьёв занимают отдельные камеры, а извилистые ходы связывают их движения.Биологический этюд
РазвилкиСверху видно, как деревянный настил расходится и вновь соединяется над заболоченной местностью, пока люди в красном идут в разные стороны.2025
Рассвет на золотой гореУтренний свет достигает только самых высоких снежных вершин; долина и ближние хребты остаются в глубокой синей тени.Горный этюд
07Контакты

Свяжитесь со мной

Пишите об опубликованных исследованиях, вопросах вычислительных методов и биологии, а также о кофе, плёнке и фотографии. Вопросам о приложениях тоже буду рад.

Liao_Chenyan@yeah.net
  • Научное общение
  • Опубликованные исследования
  • Собственные приложения
  • Фотография