เครื่องมือกระบวนการวิจัยและวิทยาศาสตร์แบบเปิด
CHARMM-GUI System Builder
สกิลสำหรับ AI Agent ที่บันทึกการตรวจข้อมูลนำเข้า CHARMM-GUI งานในเบราว์เซอร์ การกู้การดาวน์โหลด และการตรวจสอบไฟล์ GROMACS เป็นขั้นตอนแยกกัน
- รุ่นเผยแพร่สาธารณะปัจจุบัน
- v2.2.0 Audit Closure and Stage Handoff Edition
- สัญญาอนุญาต
- AGPL-3.0
- สถานะ
- โครงการชุมชนสาธารณะที่ไม่เป็นทางการ
โครงการชุมชนที่ไม่เป็นทางการ ไม่มีความเกี่ยวข้องหรือได้รับการรับรองจาก CHARMM-GUI, Im Lab หรือ Lehigh University
01 / ภาพรวม
ดาวน์โหลดเสร็จยังไม่ได้แปลว่าระบบพร้อมจำลอง
การเตรียมระบบโปรตีนเยื่อหุ้มผ่าน CHARMM-GUI เกี่ยวข้องกับโครงสร้างนำเข้า แบบฟอร์มในเบราว์เซอร์ งานเบื้องหลัง การดาวน์โหลด การแตกไฟล์บีบอัด และการตรวจโทโพโลยี GROMACS สัญญาณสีเขียวในขั้นตอนหนึ่งยืนยันขั้นตอนถัดไปไม่ได้
สกิลนี้บันทึกแต่ละส่วนแยกกัน: ส่งพารามิเตอร์ใดไป งานในเบราว์เซอร์หยุดตรงไหน ไฟล์ที่ดาวน์โหลดเป็นไฟล์รวมบีบอัดหรือหน้าแจ้งข้อผิดพลาด HTML และไฟล์ GRO, TOP, ITP และ MDP สอดคล้องกันหรือไม่ สกิลนี้ไม่ใช่เอนจินพลวัตตัวใหม่และไม่ใช้แทน CHARMM-GUI
02 / เหตุผลที่สร้างขึ้น
งานในเบราว์เซอร์ แพ็กเกจที่ดาวน์โหลด และโทโพโลยีล้มเหลวได้คนละจุด
หน้าเว็บอาจดูพร้อมทั้งที่ยังไม่ได้ส่ง งานเบื้องหลังอาจเสร็จแล้วแต่เบราว์เซอร์ดาวน์โหลดไม่สำเร็จ ไฟล์ชื่อ `.tar.gz` อาจบรรจุข้อผิดพลาด HTML และไฟล์ GROMACS ที่อ่านได้ไม่ได้พิสูจน์ว่าพารามิเตอร์ลิแกนด์ที่กำหนดเองเข้าสู่โทโพโลยีสุดท้ายแล้ว
สกิลนี้ไม่กลบความแตกต่างเหล่านั้นด้วยเครื่องหมายผ่านสีเขียวเพียงตัวเดียว สถานะเบราว์เซอร์ต้องมีบันทึกเบราว์เซอร์รองรับ สถานะไฟล์ต้องอาศัยการตรวจชนิดและความสมบูรณ์ ส่วนสถานะโทโพโลยีต้องตรวจองค์ประกอบ การตัดสินใจว่าระบบควรเข้าสู่ MD ระยะเก็บผลจริงหรือไม่ยังแยกไว้ให้มนุษย์พิจารณา
03 / ความสามารถ
จากโครงสร้างต้นฉบับสู่แพ็กเกจ GROMACS
- 01
ตรวจสอบข้อมูลนำเข้า PDB, SDF, MOL2 และพารามิเตอร์ลิแกนด์
- 02
บันทึกพารามิเตอร์เบราว์เซอร์ URL ภาพหน้าจอ และสถานะงาน
- 03
ตรวจแนววางเยื่อหุ้ม ขนาดระบบ อัตราส่วนลิพิด และการตั้งค่าไอออน
- 04
แยกสถานะกำลังทำงาน ค้าง งานเบื้องหลังเสร็จแล้ว และรอมนุษย์ส่งขั้นตอนถัดไป
- 05
กู้การดาวน์โหลดในเบราว์เซอร์ที่หยุดชะงักโดยเก็บหลักฐานไว้
- 06
แยกแยะ tar, tar.gz, หน้าแจ้งข้อผิดพลาด HTML, แพ็กเกจเสียหาย และไฟล์ที่ดาวน์โหลดไม่ครบ
- 07
ตรวจสอบ GRO, TOP, ITP, MDP และองค์ประกอบของระบบ
- 08
ตรวจว่าพารามิเตอร์ลิแกนด์ที่กำหนดเองเข้าสู่โทโพโลยี GROMACS สุดท้ายจริง
- 09
ใช้ทะเบียนสภาพแวดล้อมเชิงโครงสร้างแยกส่วนเยื่อหุ้มโดยรวมออกจากลิพิด ไอออน โคแฟกเตอร์ และองค์ประกอบในโพรงจับที่ระบุได้จากโครงสร้าง
- 10
บันทึกหลักฐานการคงท่าการจับตลอดการทำความสะอาดโครงสร้าง จัดแนว ประกอบระบบ และแปลงพิกัดขั้นสุดท้าย
- 11
ตรวจไฟล์ข้อจำกัดการเคลื่อนที่ มาโคร ตารางคลายข้อจำกัดระหว่างปรับสมดุล และสถานะที่คาดไว้สำหรับระยะเก็บผลจริง พร้อมส่งต่อข้อกำหนดที่ยังไม่คลี่คลายไปยังขั้นตอนหลัง
- 12
ปิด Stage 2 ด้วยการตรวจแยกแบบอ่านอย่างเดียว การล็อกอย่างชัดเจน และการตรวจสอบ Receipt 2.0 อย่างเป็นอิสระ
- 13
ป้องกันการรายงานว่าพร้อมรันระยะเก็บผลจริง ทั้งที่ผ่านเพียงการตรวจไฟล์ทางเทคนิค
04 / รองรับหลายเอเจนต์
การตรวจชุดเดียวกันทำงานผ่านไคลเอนต์เอเจนต์ต่าง ๆ ได้
รุ่นสาธารณะมีอะแดปเตอร์สำหรับสภาพแวดล้อมต่อไปนี้ โดยคงรายการตรวจสอบและเงื่อนไขส่งต่อให้มนุษย์เข้าควบคุมไว้เหมือนเดิม
- Codex
- Claude Code
- OpenClaw / Javis
- Hermes Agent
- ไคลเอนต์อื่นที่รองรับ Agent Skills
เมื่อสภาพแวดล้อมรันไม่มีการควบคุมเบราว์เซอร์หรือช่องทางให้มนุษย์รับช่วง สกิลจะหยุดที่ขั้นตอนเบราว์เซอร์ ไม่เปลี่ยนคำว่า ‘ทำไม่ได้’ ให้เป็น ‘เสร็จแล้ว’
05 / ขอบเขตทางวิทยาศาสตร์
ไฟล์ครบไม่ได้หมายถึงได้รับอนุญาตให้จำลองระยะเก็บผลจริง
การตรวจ Stage 2 ยืนยันว่าข้อมูลนำเข้า บันทึก และไฟล์ผลลัพธ์สอดคล้องกัน ไม่ได้ตัดสินว่าสถานะโปรตอน องค์ประกอบเยื่อหุ้ม หรือพารามิเตอร์ลิแกนด์เหมาะสมทางวิทยาศาสตร์หรือไม่ และไม่ได้อนุญาตให้ทำ MD เพียงเพราะโทโพโลยีผ่านการประมวลผลล่วงหน้าได้
- ไม่ออกสถานะ Production_Approved โดยอัตโนมัติ
- ไม่รัน gmx mdrun
- ไม่ใช้ gmx grompp -maxwarn เพื่อซ่อนปัญหาโทโพโลยี
- ไม่เลือกองค์ประกอบเยื่อหุ้ม สถานะโปรตอน การแบ่งส่วนโปรตีน หรือพารามิเตอร์ลิแกนด์แทนนักวิจัย
- ไม่อธิบายโครงสร้างที่เตรียมแล้วว่าเป็นหลักฐานของตำแหน่งจับ
production_ready=false · md_execution_allowed=false · no_mdrun=trueก่อนเข้าสู่ระยะเก็บผลจริง ผู้เชี่ยวชาญยังต้องทบทวนอัตลักษณ์โมเลกุล สถานะโปรตอน พารามิเตอร์ลิแกนด์ แนววางเยื่อหุ้ม การประมวลผลโทโพโลยีล่วงหน้า และความสมเหตุสมผลของระบบทั้งหมด
06 / ที่มาและคำขอบคุณ
เกิดจากงานสร้างระบบเยื่อหุ้มที่ติดขัดจริง
ส่วนที่สิ้นเปลืองของการสร้างระบบเยื่อหุ้มมักไม่ใช่การกรอกแบบฟอร์มครั้งเดียว แต่เป็นการรู้ว่าจะทำงานยาวที่ค้างต่ออย่างไร การดาวน์โหลดที่ล้มเหลวซ่อนงานเบื้องหลังที่เสร็จแล้วหรือไม่ และแพ็กเกจที่ได้มาในที่สุดครบสมบูรณ์หรือเปล่า โครงการนี้เปลี่ยนปัญหาที่เกิดซ้ำเหล่านั้นเป็นขั้นตอนตรวจที่ดำเนินการได้
รุ่นสาธารณะเก็บเฉพาะวิธีที่นำกลับมาใช้ได้ โมเลกุลเฉพาะที่ยังไม่เผยแพร่ รหัสงานภายใน โครงสร้างส่วนตัว พาธในเครื่อง และข้อมูลรับรองการรันไม่ถูกนำเข้ารีโพซิทอรีหรือหน้านี้
พัฒนาภายใต้คำแนะนำด้านการวิจัยจาก Nian Yin และการสนับสนุนกระบวนการทำงานเชิงคำนวณจาก NianLab
07 / ลิงก์สาธารณะ