Liao Chenyan: จากวิทยาศาสตร์ชีวภาพ สู่การออกแบบโมเลกุลและซอฟต์แวร์

วิทยาศาสตร์ชีวภาพ · เคมีเชิงคำนวณ · ซอฟต์แวร์อิสระ

ผมทำงานด้านการค้นพบยาโดยใช้ AI ช่วย ศึกษาโปรตีนและโมเลกุลขนาดเล็กด้วยวิธีเชิงคำนวณ

งานวิจัยก่อนหน้านี้ของผมเกี่ยวข้องกับนิเวศวิทยา พฤติกรรมแมลง และจีโนมิกส์ เว็บไซต์นี้รวบรวมผลงานที่ตีพิมพ์ แอปสองตัวที่ผมพัฒนา และภาพถ่ายแมลง ภูเขา และท้องฟ้ายามค่ำคืน

นิเวศวิทยาและพฤติกรรมแมลง → จีโนมิกส์และการควบคุม → AI สำหรับชีววิทยา → การออกแบบโมเลกุล

ชมผลงานคัดสรร GitHub ติดต่อ

ด้านล่างคือบทความวิจัยและโครงการโอเพนซอร์ส พร้อมลิงก์ไปยังผลงานต้นฉบับ

01ผลงานคัดสรร

บทความวิจัยและโครงการโอเพนซอร์ส

“หลักข้อแรกคือคุณต้องไม่หลอกตัวเอง และคุณคือคนที่หลอกได้ง่ายที่สุด”
— Richard Feynman“Cargo Cult Science”

บทความที่ผ่านการประเมินโดยผู้ทรงคุณวุฒิCommunications Biology · 2026

lncRNAs contribute to caste differentiation as a regulatory layer in ants

Ding, G., Lin, F., Zheng, J. et al. Communications Biology (2026)

คำถามของงานนี้

มดราชินีและมดงานอาจมีจีโนมแทบเหมือนกัน แต่พัฒนาเป็นรูปร่างต่างกันและทำหน้าที่ต่างกันมาก จากทรานสคริปโตมตามช่วงพัฒนาการของมดฟาโรห์และมดตัดใบ งานนี้ระบุ lncRNAs ที่ความเอนเอียงในการแสดงออกตามวรรณะค่อย ๆ ถูกตรึงให้เป็นแบบแผน แล้วเชื่อมรูปแบบเหล่านั้นกับเครือข่ายยีนที่เข้ารหัสโปรตีนซึ่งจำเพาะต่อเนื้อเยื่อ การทดลองรบกวน RNA และการตอบสนองต่อฮอร์โมนจูวีไนล์

ส่วนที่ผมมีส่วนร่วม

ผมมีส่วนร่วมในการวิเคราะห์ชีวสารสนเทศหลายส่วน

เผยแพร่แล้ว 2026-08-26

DOI: 10.1038/s42003-026-10839-z

อ่านบทความวิจัย

ผลงานวิจัยแบบโอเพนซอร์สv2.2.0 · AGPL-3.0

CHARMM-GUI System Builder

สกิลสำหรับ AI Agent เพื่อตรวจข้อมูลนำเข้าระบบเยื่อหุ้มใน CHARMM-GUI กู้งานที่หยุดชะงัก ระบุชนิดแพ็กเกจที่ดาวน์โหลด และตรวจสอบไฟล์ GROMACS

ปัญหา: หน้าเบราว์เซอร์ที่เสร็จแล้ว การดาวน์โหลดที่เสร็จแล้ว และโทโพโลยี GROMACS ที่ตรวจแล้วเป็นสามสถานะที่ต่างกัน ไม่มีสถานะใดยืนยันอีกสองสถานะได้
ส่วนที่ Liao มีส่วนร่วม: เปลี่ยนการตรวจข้อมูลนำเข้า การบันทึกงานในเบราว์เซอร์ การกู้งานยาว การระบุชนิดไฟล์รวม และการตรวจไฟล์ GROMACS ให้เป็นขั้นตอนที่เอเจนต์ทำตามได้ทีละขั้น
หลักฐานที่เผยแพร่ต่อสาธารณะ: รุ่น v2.2.0 บน GitHub ซอร์สโค้ดภายใต้ AGPL-3.0 และเอกสารสาธารณะ รีโพซิทอรีสาธารณะมีการทดสอบ 130 รายการ และเผยแพร่เกณฑ์ผ่านด้านสภาพแวดล้อมเชิงโครงสร้าง การคงท่าการจับ การส่งต่อข้อจำกัดการเคลื่อนที่ และการปิดงาน Receipt 2.0
ขอบเขต: โครงการชุมชนที่ไม่เป็นทางการ ไม่ใช้แทน CHARMM-GUI ไม่รันการจำลองระยะเก็บผลจริง และไม่อนุมัติระบบสำหรับ MD ระยะเก็บผลจริงโดยอัตโนมัติ
ทิศทางปัจจุบัน: พัฒนาการตรวจสภาพแวดล้อมเชิงโครงสร้าง ท่าการจับของลิแกนด์ และการส่งต่อข้อจำกัดการเคลื่อนที่ให้รัดกุมขึ้นต่อไป โดยแยกการสร้างระบบ การอนุญาตให้ทำ MD และการตัดสินทางวิทยาศาสตร์ออกจากกัน

โครงการชุมชนที่ไม่เป็นทางการ ไม่มีความเกี่ยวข้องหรือได้รับการรับรองจาก CHARMM-GUI, Im Lab หรือ Lehigh University

อ่านรายละเอียดโครงการ GitHub

02มุมมองการวิจัย

โปรตีน โมเลกุลขนาดเล็ก และการคำนวณ

“สสารที่มีชีวิตหลีกเลี่ยงการเสื่อมสลายไปสู่สมดุล”
— Erwin SchrödingerWhat Is Life?

ปัจจุบันผมทำงานด้านการค้นพบยาโดยใช้ AI ช่วย (AIDD) ศึกษาว่าโมเลกุลขนาดเล็กอาจมีปฏิสัมพันธ์กับโปรตีนอย่างไร และการเปรียบเทียบเชิงคำนวณช่วยคัดเลือกสารเพื่อนำไปทดลองได้อย่างไร

โปรตีนมีโครงรูปได้หลายแบบ และโมเลกุลเดียวกันอาจมีท่าการจับที่เสนอไว้หลายท่า ผมสนใจว่าทางเลือกเหล่านี้ส่งผลต่อการเปรียบเทียบอย่างไร จุดสัมผัสใดเปลี่ยนไป ท่าการจับยังสมเหตุสมผลระหว่างการจำลองหรือไม่ และวิธีต่าง ๆ สนับสนุนการตีความเดียวกันหรือไม่

การสร้างโมเลกุล การคัดกรองเสมือน การด็อกกิง และพลวัตเชิงโมเลกุลให้ข้อมูลคนละชนิด การตีความผลจึงต้องตรวจสอบโครงสร้างนำเข้า พารามิเตอร์ และการตัดสินใจคัดเลือกได้ สารที่คัดเลือกยังต้องมีแนวทางสังเคราะห์หรือจัดซื้อที่ทำได้จริงและการทดสอบที่เหมาะสม คะแนนและวิถีการเคลื่อนที่จากการคำนวณเพียงอย่างเดียวไม่ยืนยันการจับ ฤทธิ์ หรือกลไก

โครงรูปโปรตีนและจุดสัมผัสระดับโมเลกุล

คำถามวิจัย

หากโปรตีนเปลี่ยนโครงรูป ท่าการจับที่เสนอไว้ของโมเลกุลขนาดเล็กยังสมเหตุสมผลหรือไม่?

สิ่งที่เกี่ยวข้องในการเปรียบเทียบ

การเปรียบเทียบเรขาคณิตของโพรงจับและจุดสัมผัสระดับโมเลกุลช่วยให้เห็นว่าเหตุใดคำทำนายจึงขึ้นกับโครงสร้างหนึ่งโดยเฉพาะ เมื่อเปลี่ยนจากแบบจำลองโครงสร้างไปสู่การทดลองในเซลล์ ความเข้มข้น เยื่อหุ้ม เมแทบอลิซึม และโมเลกุลที่แข่งขันกันจะเพิ่มเงื่อนไขเข้ามาอีก

คัดเลือกสารสำหรับการทดลอง

คำถามวิจัย

เมื่อทดสอบสารได้เพียงไม่กี่ชนิด ควรใช้อะไรเป็นเกณฑ์จัดลำดับความสำคัญ?

สิ่งที่เกี่ยวข้องในการเปรียบเทียบ

คะแนนด็อกกิงเป็นเพียงส่วนหนึ่งของการตัดสินใจ ความสมเหตุสมผลทางเคมี ความหลากหลายของโครงสร้าง ความสอดคล้องระหว่างวิธี และความสามารถในการจัดหาสาร ล้วนมีผลว่ารายชื่อที่คัดไว้จะเป็นประโยชน์ต่อทีมทดลองหรือไม่

ทำการเปรียบเทียบเชิงคำนวณซ้ำได้

คำถามวิจัย

ผู้อื่นสามารถย้อนจากสารที่คัดเลือกไปยังโครงสร้าง การตั้งค่า และเกณฑ์การเลือกได้หรือไม่?

สิ่งที่เกี่ยวข้องในการเปรียบเทียบ

การเตรียมโครงสร้าง เวอร์ชันซอฟต์แวร์ การรันที่ล้มเหลว และการเลือกด้วยตนเอง ล้วนเปลี่ยนผลการเปรียบเทียบได้ การบันทึกสิ่งเหล่านี้ช่วยให้คำนวณซ้ำและตรวจสอบได้ว่าทำไมการรันสองครั้งจึงให้ผลไม่ตรงกัน

03เส้นทางการวิจัย

จากนิเวศวิทยา แมลง และโอมิกส์ สู่ AIDD

“ในธรรมชาติ ไม่มีสิ่งใดดำรงอยู่โดยลำพัง”
— Rachel CarsonSilent Spring

01ทิศทางปัจจุบัน
AIDD และการออกแบบโมเลกุล
งานวิจัยปัจจุบันของผมมุ่งที่โปรตีน โมเลกุลขนาดเล็ก และเคมีเชิงคำนวณ โดยผสานการสร้างโมเลกุล การคัดกรองเสมือน การด็อกกิง และพลวัตเชิงโมเลกุล เพื่อเปรียบเทียบปฏิสัมพันธ์ที่เป็นไปได้และสารที่อาจนำไปทดสอบ
การทดลองติดตามผลยังเป็นส่วนหนึ่งของคำถาม: จัดหาสารใดได้บ้าง ควรวัดอะไร และคำอธิบายทางเลือกใดต้องนำมาทดสอบ?
02การเปลี่ยนผ่านด้านการคำนวณ
AI สำหรับชีววิทยาและวิธีเชิงคำนวณ
การเปลี่ยนจากโอมิกส์มาสู่ AIDD ทำให้งานคำนวณของผมมุ่งไปที่โครงสร้างโปรตีนและโมเลกุลขนาดเล็ก การเตรียมโครงสร้าง การเปรียบเทียบสารที่คัดเลือก และการวิเคราะห์ผลจำลองจึงกลายเป็นงานหลัก
งานนี้เชื่อมพื้นฐานด้านชีววิทยาและจีโนมิกส์ของผมเข้ากับชีววิทยาโครงสร้างและเคมี คำถามในปัจจุบันจึงครอบคลุมทั้งเรขาคณิตและปฏิสัมพันธ์ระดับโมเลกุล ตลอดจนความแปรผันของข้อมูลชีวภาพ
03พื้นฐานจากงานก่อนหน้า
จีโนมิกส์เชิงวิวัฒนาการและมัลติโอมิกส์
งานก่อนหน้าของผมครอบคลุมจีโนมิกส์เชิงวิวัฒนาการ ทรานสคริปโตมิกส์ อีพิเจเนติกส์ และความเหนือกว่าของลูกผสม สาขาเหล่านี้ศึกษาว่าความแปรผันทางพันธุกรรมและการควบคุมยีนสัมพันธ์กับความแตกต่างของลักษณะปรากฏอย่างไร
การตีความผลเปรียบเทียบโอมิกส์ต้องใส่ใจองค์ประกอบของตัวอย่าง ผลจากชุดการทดลอง และการกำกับคำอธิบายข้อมูล เงื่อนไขเหล่านี้สำคัญต่อการพิจารณาว่าความแตกต่างนั้นสนับสนุนคำอธิบายทางชีววิทยาหรือไม่
04สิ่งมีชีวิตและพฤติกรรม
แมลง พฤติกรรม และการปรับตัว
แมลงและพฤติกรรมเป็นส่วนหนึ่งของพื้นฐานการวิจัยของผมเช่นกัน ในระดับนี้ คำถามเกี่ยวข้องกับสิ่งมีชีวิตทั้งตัวและความสัมพันธ์ระหว่างพฤติกรรม พัฒนาการ และสภาพแวดล้อม
การวัดพฤติกรรมต้องมีบริบท: วัดอะไร ภายใต้เงื่อนไขใด และมีพฤติกรรมอื่นใดที่อาจให้ค่าใกล้เคียงกัน
05พื้นฐานด้านนิเวศวิทยา
นิเวศวิทยา ความหลากหลายทางชีวภาพ และระบบสิ่งมีชีวิต
นิเวศวิทยาเป็นส่วนหนึ่งของงานวิจัยก่อนหน้าของผม ควบคู่กับความสนใจในความหลากหลายทางชีวภาพ โดยพิจารณาสิ่งมีชีวิตในความสัมพันธ์กับชนิดพันธุ์อื่น ทรัพยากร และการเปลี่ยนแปลงของสิ่งแวดล้อม
ความสนใจในโมเลกุลของผมในปัจจุบันอยู่ภายใต้พื้นฐานทางชีววิทยาที่กว้างกว่านี้ การศึกษาระดับโมเลกุล ระดับสิ่งมีชีวิต และระดับนิเวศ ตอบคำถามชีววิทยาคนละส่วนและต้องใช้หลักฐานต่างชนิดกัน

04เกี่ยวกับผม

I Am What I Am

“คุณเชื่อมจุดต่าง ๆ ขณะมองไปข้างหน้าไม่ได้ จะเชื่อมได้ก็ต่อเมื่อมองย้อนกลับไป”
— Steve Jobs

ภาพเหมือนตัวเองที่ช่างไม่น่าเป็นไปได้

นอกเหนือจากงานวิจัย ผมสนใจการถ่ายภาพ กาแฟ และฟิล์ม และยังพัฒนาแอปอิสระสองตัวคือ YanMore Grind และ FilmDevMonitor

ในภาพหนึ่ง จักจั่นที่เพิ่งออกจากคราบเกาะอยู่ข้างคราบเดิม ปีกบางยังค่อย ๆ คลี่ออก อีกภาพหนึ่ง แสงสีทองส่องถึงหิมะบนสันเขา ขณะที่หุบเขายังคงเป็นสีน้ำเงิน การถ่ายภาพทำให้ผมได้มองรายละเอียดที่ต่างกันเช่นนี้อย่างใกล้ชิด

กาแฟยังเป็นหัวใจของ YanMore Grind เมล็ดถุงใหม่มักหมายถึงการปรับเครื่องบดอีกครั้ง แอปจึงเก็บค่าตั้ง ผลการชง และบันทึกการชิมไว้ด้วยกัน เพื่อให้ค้นหาความพยายามครั้งก่อนได้ง่ายขึ้น

FilmDevMonitor ดูแลอีกส่วนหนึ่งของการถ่ายภาพ นั่นคือการล้างฟิล์ม โดยรวมกระบวนการ น้ำยา อุณหภูมิ การเขย่า และตัวจับเวลาไว้ในมุมมองเดียว พร้อมแหล่งอ้างอิงและข้อควรระวังที่เกี่ยวข้องใกล้กับขั้นตอนปัจจุบัน

ทำไมต้องเป็นล็อบสเตอร์?

ผมชอบความเหนือจริงของการขี่ล็อบสเตอร์ยักษ์ฝ่าพายุ เป็นภาพแทนตัวเองแบบขำ ๆ ที่ไม่ได้มีคำอธิบายยิ่งใหญ่อะไรซ่อนอยู่

05ผลิตภัณฑ์ที่พัฒนาอย่างอิสระ

ปรับเทียบกาแฟและล้างฟิล์ม

“การตระหนักถึงความต้องการคือเงื่อนไขแรกของการออกแบบ”
— Charles Eames

01พร้อมใช้งานบน iPhone, iPad และ Mac · อินเทอร์เฟซหลายภาษา

YanMore Grind

หาค่าบดเริ่มต้น บันทึกการชง และเก็บสูตรที่คุณชอบ

วันนี้ชงเอสเปรสโซ พรุ่งนี้ลองดริปด้วยเมล็ดถุงเดิม แยกบันทึกกลิ่นส้มกับความฝาดช่วงท้ายได้ เวอร์ชัน 2.3.1 เพิ่มรายละเอียดวงล้อกลิ่นและการซื้อซ้ำ พร้อมระบุขอบเขต Free / Pro ของการปรับบดและพื้นที่ทำงานของเมล็ดให้ชัดเจนขึ้น

ส่งเวอร์ชัน 2.3.1 เพื่อรับการตรวจสอบแล้ว เวอร์ชันที่เผยแพร่ใน App Store ยังเป็น 2.3.0 (ตรวจสอบ 2026-10-19)

อ่านเพิ่มเติม