從一批分子，到值得繼續研究的幾個。
整理分子庫
先核對結構與編號，保留每個分子的來源。
對接與篩選
比較姿態、分數與任務狀態，不只看排名第一。
複查候選
回到結構與參數，決定哪些結果值得繼續檢查。
分子動力學
體系準備與審核之後，再觀察結構隨時間的變化。
準備結構、設定參數、提交計算
MolloM 將已接入的對接與分子動力學軟體放進同一介面：準備結構、設定參數、提交計算，再查看結果與日誌。
先把軟體準備好
軟體中心偵測既有工具，為已適配的軟體提供安裝、版本管理和驗證入口。選擇本機或自己的 SSH 伺服器，檢查結構與輸入，在三維視圖確認對接盒子。安裝仍取決於系統、授權與可用發行包。
參數不止幾個預設
各引擎有自己的設定：搜尋強度、隨機種子、CPU / GPU 選項，以及 GROMACS 執行和 MDP 參數。專用控制項與原生協定入口保留細部設定，提交前可核對實際配置。
整批分子，不必反覆重來
用小批次試跑估算耗時，再安排並行與資源。各輪可使用不同引擎和篩選條件；只重試失敗項，保留成功結果及候選來源。結果與日誌分頁讀取。規模與速度仍須用自己的硬體和資料驗證。
電腦負責計算，手機接著處理
桌面端
準備蛋白質與小分子、查看三維結構、設定盒子、引擎和資源，提交本機或伺服器任務。管理篩選輪次、失敗項恢復、匯出，以及 GROMACS 模擬和軌跡分析。Docking 與 MD 可各自使用，不必綁成單一路線。
行動端
查看已連接計算端的專案、進展、摘要與日誌；做筆記、收藏、比較候選，保留附讀取時間的離線副本。對支援的桌面專案，可編輯待提交計畫、預覽差異，取得獨立提交權限並核對資源後發起計算。
目前開發版的真實介面，使用示範設定與模擬任務；未提交真實計算。
先連接自己的電腦或伺服器，完成裝置配對並授予存取權限。
沿用熟悉的引擎，保留過程
MolloM 不是新的 Docking 或 MD 引擎。它呼叫既有程式，保留原始輸出、參數與各次嘗試。專案包攜帶選定的輸入與結果；相容 AI Agent 可透過 MCP 讀取狀態或準備計畫。
計算位置與資料傳輸
對接與模擬在本機或指定伺服器執行。帳號連線可將所選任務的狀態、結果摘要與日誌轉送到手機；軟體安裝和自行啟用的外部服務也會使用網路。
軟體代為操作，研究者作判斷
對接分數和軌跡用於比較候選，不能單獨確認結合或機制。解讀結果仍須考慮分子身分、質子化、力場、取樣和實驗依據。
下載與平台
MolloM 正在開發桌面與行動端。正式安裝包和商店入口尚未開放；發布後會在此提供下載連結、系統需求與安裝說明。
規劃發布平台
桌面端
- macOS尚未正式發布
- Windows尚未正式發布
- Linux尚未正式發布
行動端
- iOS / iPadOS尚未正式發布
- Android尚未正式發布
- HarmonyOS NEXT尚未正式發布