“首要原則是，你不能欺騙自己，而你恰恰是最容易被自己欺騙的人。”
Ding, G., Lin, F., Zheng, J. et al. Communications Biology (2026)
蟻後與工蟻可以共享近乎相同的基因組，卻在發育中長成不同的身體，也承擔完全不同的工作。這項研究追蹤法老蟻和切葉蟻多個發育階段的轉錄組，發現一部分 lncRNA 的品級差異會隨發育逐漸固定，並與組織特異的蛋白編碼基因網絡、RNA 干擾實驗和保幼激素響應相互印證。
我參與了其中幾部分的生物資訊分析。
用於檢查 CHARMM-GUI 跨膜蛋白體系輸入、恢復中斷任務、鑒別下載包並核對 GROMACS 檔案的 AI Agent Skill。
“生命物質逃避向平衡狀態的衰變。”
我目前的研究轉向了人工智能輔助藥物發現（AIDD），關注小分子可能怎樣與蛋白質相互作用，以及怎樣通過計算比較，為實驗選擇候選分子。
蛋白質可以有不同構象，同一個分子也可能得到幾種預測結合姿勢。我關心這些選擇怎樣影響比較結果：哪些接觸發生了變化，一個姿勢在模擬過程中是否仍然合理，不同方法是否支持同一種解釋。
分子生成、虛擬篩選、對接和分子動力學提供的是不同類型的資訊。解釋結果時，需要能查到輸入結構、參數與篩選決定；候選還需要有可行的合成或採購途徑，以及合適的實驗檢測。僅憑計算分數和模擬軌跡，不能確認結合、活性或機制。
研究問題
蛋白質構象發生變化後，預測的小分子結合姿勢是否仍然合理？
研究中需要考慮甚麼
比較口袋形狀和分子接觸，可以幫助理解一個預測為何依賴特定結構。從結構模型走向細胞實驗時，還要考慮濃度、膜、代謝和競爭分子等條件。
研究問題
如果只能測試少量化合物，應該依據甚麼確定優先次序？
研究中需要考慮甚麼
對接分數只是依據之一。化學合理性、結構多樣性、不同方法的一致程度，以及化合物能否獲得，都會影響一份候選名單對實驗團隊是否有用。
研究問題
另一個人能否從入選候選追溯到原始結構、計算設置與篩選依據？
研究中需要考慮甚麼
結構準備、軟體版本、失敗任務和人工選擇都可能改變比較結果。保留這些記錄，才能重做計算，並檢查兩次運行為甚麼不同。
“自然界中，沒有任何事物孤立存在。”
目前的研究以蛋白質、小分子和計算化學為中心，結合分子生成、虛擬篩選、對接與分子動力學，比較可能的相互作用和候選化合物。
後續實驗也是問題的一部分：哪些化合物能夠獲得，應該測量甚麼，還需要檢驗哪些其他解釋？
從組學轉向 AIDD 後，計算工作的重點逐漸落在蛋白質結構和小分子上。結構準備、候選比較和模擬分析成為主要任務。
這部分工作把原有的生物學、基因組學背景與結構生物學和化學連接起來。除了生物資料中的差異，研究問題也涉及分子幾何與相互作用。
更早的工作涉及進化基因組學、轉錄組、表觀遺傳和雜種優勢，關注遺傳變異、基因調控與表型差異之間的關係。
解釋組學比較時，需要考慮樣本組成、批次效應與注釋。判斷一個差異能否支持生物學解釋，離不開這些條件。
昆蟲與行為也是我的研究背景。在這一尺度上，問題面向完整的生物個體，以及行為、發育與環境條件之間的關係。
一個行為測量值需要放回具體條件中理解：測量的是甚麼、在甚麼條件下測量，以及哪些其他行為也可能產生相近數值。
生態學是我更早的研究背景之一，生物多樣性也一直在我的關注範圍內。這些問題涉及生物與其他物種、資源及環境變化的關係。
現在對分子的關注，仍處在這段更廣泛的生物學背景之中。分子、個體與生態研究處理的是生物學問題的不同部分，也需要不同類型的證據。
“向前看時，你無法把這些點連起來；只有回望時，它們才會彼此相連。”
科研之外，我也喜歡攝影、咖啡和膠片，並開發了兩款獨立應用：YanMore Grind 和 FilmDevMonitor。
一張照片里，剛羽化的蟬停在空殼旁，薄薄的翅膀還沒有完全展開。另一張里，金色的光照到山脊上的積雪，山谷仍是藍色。攝影讓我有機會仔細看這些很不一樣的細節。
咖啡也是 YanMore Grind 的主題。換一包新豆子，往往需要重新調整磨豆機；這個 App 把刻度、衝煮結果和風味筆記放在一起，方便找回上一次嘗試。
FilmDevMonitor 則與攝影的另一個環節有關：膠片沖洗。它把工藝、藥液、溫度、攪動和計時放在同一處，當前步驟旁邊就能查看相關來源和安全說明。
為甚麼是龍蝦？
騎著一隻巨型龍蝦穿過暴風雨，這畫面有點荒誕，我很喜歡。它就是一張開玩笑的自畫像，沒有甚麼宏大的解釋。
“設計的首要條件，是看見真正的需要。”
“你不是在拍下一張照片，而是在創造它。”
銀河從東川紅土地的山脊上升起，梯田和村鎮燈光仍清楚留在地面。
東川紅土地俯拍的棧道在濕地上分開又匯合，幾位紅衣行人正走向不同方向。
2025剛羽化的蟬停在空殼旁，翅膀還帶著沒有完全展開的透明。
動物所歡迎來信交流已發表的研究、計算與生物學問題，或聊聊咖啡、膠片和攝影。應用使用問題也可以通過郵件聯繫。
