科研工作流與開源工具
CHARMM-GUI System Builder
把 CHARMM-GUI 構建中的輸入檢查、網頁任務、下載恢復和 GROMACS 檔案核驗分開記錄的 AI Agent Skill。
- 當前公開版本
- v2.2.0 Audit Closure and Stage Handoff Edition
- 許可協議
- AGPL-3.0
- 項目屬性
- 公開、非官方社區項目
非官方社區項目。與 CHARMM-GUI、Im Lab 或 Lehigh University 無隸屬關係，也不存在官方背書。
01 / 概覽
一個“下載完成”，還不是一個能跑的體系。
用 CHARMM-GUI 準備一個跨膜蛋白體系，要經過輸入結構、網頁表單、後台任務、瀏覽器下載、壓縮包解開和 GROMACS 拓撲檢查。任何一步看起來“完成”，都不能替後面的步驟作證。
這個 Skill 把這些環節逐項記下來：提交了甚麼參數，網頁任務停在哪裡，下載到的是壓縮包還是 HTML 錯誤頁，最終的 GRO、TOP、ITP 和 MDP 是否彼此對應。它不發明新的模擬引擎，也不替代 CHARMM-GUI。
02 / 為甚麼做
網頁、下載包和拓撲，會在不同地方出錯。
網頁可能只是把按鈕點亮，還沒有真正提交；後台可能已經算完，瀏覽器下載卻中斷；擴展名寫著 `.tar.gz`，檔案內容也可能是一張報錯頁面；GROMACS 檔案能夠被讀取，也不等於配體參數真的進入了最終拓撲。
Skill 不用一個籠統的綠色勾號蓋住這些差別。網頁狀態看網頁記錄，下載狀態檢查檔案類型和完整性，拓撲狀態核對組件；至於體系是否適合進入 production MD，仍然留給研究者單獨批准。
03 / 能力
從原始結構，一直檢查到 GROMACS 包。
- 01
審計 PDB、SDF、MOL2 與配體參數輸入。
- 02
記錄網頁參數、URL、截圖與任務狀態。
- 03
檢查膜取向、體系尺寸、脂質比例與離子設置。
- 04
區分 running、stalled、backend complete 與需要人工提交下一步。
- 05
恢復瀏覽器下載中斷，並保留恢復證據。
- 06
識別 tar、tar.gz、HTML 錯誤頁、損壞包與未完成下載。
- 07
驗證 GRO、TOP、ITP、MDP 與體系組件。
- 08
檢查自定義配體參數是否真正進入最終 GROMACS 拓撲。
- 09
用結構環境台賬區分普通膜組分與結構解析的脂質、離子、輔因子和口袋組分。
- 10
記錄從輸入清理、取向、組裝到最終坐標的 Pose 保真證據。
- 11
核對約束檔案、宏、平衡釋放計劃與預期生產態，並把未完成義務交接到後續階段。
- 12
以只讀審計、顯式鎖定和獨立驗證完成不可變的 Stage 2 Receipt 2.0 收口。
- 13
阻止把技術檔案通過誤寫成 production-ready。
04 / 跨 Agent 支持
同一套檢查，可以交給不同 Agent 執行。
公開版本為以下運行環境提供適配，但檢查項目和人工接管條件保持一致。
- Codex
- Claude Code
- OpenClaw / Javis
- Hermes Agent
- 其他兼容 Agent Skills 的客戶端
運行環境沒有瀏覽器控制或人工接管能力時，Skill 會停在需要網頁操作的地方，不把“無法執行”寫成“已經完成”。
05 / 科學邊界
檔案齊全，不等於可以直接開始生產模擬。
Stage 2 的檢查只能說明輸入、記錄和輸出包彼此對得上。它不會替研究者判斷質子化是否合理、膜組成是否合適，也不會因為拓撲能夠預處理就自動授權 MD。
- 不自動給出 Production_Approved。
- 不運行 gmx mdrun。
- 不使用 gmx grompp -maxwarn 掩蓋拓撲問題。
- 不替研究者決定膜組成、質子化、蛋白 segmentation 或配體參數。
- 不把準備好的結構描述成結合位點證據。
production_ready=false · md_execution_allowed=false · no_mdrun=true進入 production 之前，仍需專家檢查分子身份、質子化、配體參數、膜方向、拓撲預處理和整個體系是否合理。
06 / 來源與致謝
它從幾次真正卡住的體系構建里長出來。
跨膜蛋白體系構建最費時間的地方，常常不是填寫一次表單，而是任務跑了很久以後怎樣接著做、下載失敗後怎樣確認後端是否已經完成、拿到檔案後怎樣知道它不是損壞包。這個項目把這些反復出現的問題整理成了可執行檢查。
公開版本只保留可以復用的方法。具體小分子、內部 Job ID、未公開結構、私人路徑和運行憑據都不進入倉庫或這個頁面。
開發過程得到 Nian Yin 的研究指導，以及 NianLab 的計算工作流程支援。
07 / 公開鏈接