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Liao Chenyan
分子计算的图形化代理开发中 · 桌面与移动端

MolloM

MolloM

在电脑上准备结构、设置参数和安排计算;离开电脑后,用手机查看结果,继续处理待提交的计划。

从一批分子,到值得继续研究的几个。

分子库、蛋白质带状结构与配体的概念插画。
  1. 整理分子库

    先核对结构与编号,保留每个分子的来处。

  2. 对接与筛选

    比较姿势、得分与任务状态,不只看排名第一。

  3. 复查候选

    回到结构与参数,决定哪些结果值得继续检查。

  4. 分子动力学

    体系准备与审核之后,再观察结构随时间的变化。

准备结构、设置参数、提交计算

MolloM 把已接入的对接与分子动力学软件放进同一界面:准备结构、设置参数、提交计算,再查看结果和日志。

  1. 软件先准备好

    软件中心检测已有工具,并为已适配的软件提供安装、版本管理和验证入口。选择本机或自己的 SSH 服务器后,检查结构与输入文件,在三维视图中确认对接盒子。安装仍取决于操作系统、软件许可和可用发行包。

  2. 参数不止几个预设

    不同引擎有各自的设置:搜索强度、随机种子、CPU 与 GPU 选项,以及 GROMACS 的运行和 MDP 参数。已有适配使用专用控件,其他接入可保留原生协议与参数。提交前能核对实际配置。

  3. 一批分子,不必一遍遍重来

    先用小批次试跑估算耗时,再安排并发和计算资源。每轮可选择不同引擎与筛选条件;失败项单独重试,成功结果保留。候选进入下一轮时带着来源,结果与日志分页读取,避免为了查几条记录加载整批数据。规模与速度仍要用自己的硬件和数据验证。

电脑负责计算,手机接着处理

桌面端

准备蛋白质与小分子、查看三维结构、设置对接盒子、配置引擎与资源,再提交本机或服务器任务。桌面还负责筛选轮次、失败项恢复、结果导出,以及 GROMACS 模拟流程和轨迹分析。Docking 与 MD 可以分别使用,不必被迫串成一条流程。

移动端

查看已连接计算端的项目、任务进展、结果摘要和日志,给运行做笔记、收藏或候选对照。读过的内容可留作带时间标记的离线副本。对支持的桌面项目,可以编辑待提交计划、预览差异;取得单独提交权限并核对资源后,再发起计算。

当前开发版真实界面,使用演示配置与模拟任务;未提交真实计算。

先连接自己的电脑或服务器,完成设备配对并授予访问权限。

用熟悉的引擎,留下可追查的过程

MolloM 不是新的对接或 MD 引擎。它调用已有程序,保留原始输出、参数、任务与尝试记录。项目包可带走选定的输入与结果;兼容的 AI Agent 也可通过 MCP 读取状态或准备计划。

计算位置与数据传输

对接与模拟在本机或自己指定的服务器运行。账号连接可将所选任务的状态、结果摘要与日志转发到手机;软件安装和自行启用的外部服务也会使用网络。

软件接手操作,研究者作判断

对接分数和轨迹用于比较候选,不能单独确认结合或机制。解读结果时仍需考虑分子身份、质子化、力场、采样和实验依据。

下载与平台

MolloM 正在开发桌面与移动端。正式安装包和商店入口尚未开放;发布后会在这里提供下载链接、系统要求与安装说明。

计划发布平台

桌面端

  • macOS尚未正式发布
  • Windows尚未正式发布
  • Linux尚未正式发布

移动端

  • iOS / iPadOS尚未正式发布
  • Android尚未正式发布
  • HarmonyOS NEXT尚未正式发布
联系开发者