“首要原则是，你不能欺骗自己，而你恰恰是最容易被自己欺骗的人。”
Ding, G., Lin, F., Zheng, J. et al. Communications Biology (2026)
蚁后与工蚁可以共享近乎相同的基因组，却在发育中长成不同的身体，也承担完全不同的工作。这项研究追踪法老蚁和切叶蚁多个发育阶段的转录组，发现一部分 lncRNA 的品级差异会随发育逐渐固定，并与组织特异的蛋白编码基因网络、RNA 干扰实验和保幼激素响应相互印证。
我参与并完成了其中几部分生物信息学分析。
用于检查 CHARMM-GUI 跨膜蛋白体系输入、恢复中断任务、鉴别下载包并核对 GROMACS 文件的 AI Agent Skill。
“生命物质逃避向平衡状态的衰变。”
我目前的研究转向了人工智能辅助药物发现（AIDD），关注小分子可能怎样与蛋白质相互作用，以及怎样通过计算比较，为实验选择候选分子。
蛋白质可以有不同构象，同一个分子也可能得到几种预测结合姿势。我关心这些选择怎样影响比较结果：哪些接触发生了变化，一个姿势在模拟过程中是否仍然合理，不同方法是否支持同一种解释。
分子生成、虚拟筛选、对接和分子动力学提供的是不同类型的信息。解释结果时，需要能查到输入结构、参数与筛选决定；候选还需要有可行的合成或采购途径，以及合适的实验检测。仅凭计算分数和模拟轨迹，不能确认结合、活性或机制。
研究问题
蛋白质构象发生变化后，预测的小分子结合姿势是否仍然合理？
研究中需要考虑什么
比较口袋形状和分子接触，可以帮助理解一个预测为何依赖特定结构。从结构模型走向细胞实验时，还要考虑浓度、膜、代谢和竞争分子等条件。
研究问题
如果只能测试少量化合物，应该依据什么确定优先次序？
研究中需要考虑什么
对接分数只是依据之一。化学合理性、结构多样性、不同方法的一致程度，以及化合物能否获得，都会影响一份候选名单对实验团队是否有用。
研究问题
另一个人能否从入选候选追溯到原始结构、计算设置与筛选依据？
研究中需要考虑什么
结构准备、软件版本、失败任务和人工选择都可能改变比较结果。保留这些记录，才能重做计算，并检查两次运行为什么不同。
“自然界中，没有任何事物孤立存在。”
目前的研究以蛋白质、小分子和计算化学为中心，结合分子生成、虚拟筛选、对接与分子动力学，比较可能的相互作用和候选化合物。
后续实验也是问题的一部分：哪些化合物能够获得，应该测量什么，还需要检验哪些其他解释？
从组学转向 AIDD 后，计算工作的重点逐渐落在蛋白质结构和小分子上。结构准备、候选比较和模拟分析成为主要任务。
这部分工作把原有的生物学、基因组学背景与结构生物学和化学连接起来。除了生物数据中的差异，研究问题也涉及分子几何与相互作用。
更早的工作涉及进化基因组学、转录组、表观遗传和杂种优势，关注遗传变异、基因调控与表型差异之间的关系。
解释组学比较时，需要考虑样本组成、批次效应与注释。判断一个差异能否支持生物学解释，离不开这些条件。
昆虫与行为也是我的研究背景。在这一尺度上，问题面向完整的生物个体，以及行为、发育与环境条件之间的关系。
一个行为测量值需要放回具体条件中理解：测量的是什么、在什么条件下测量，以及哪些其他行为也可能产生相近数值。
生态学是我更早的研究背景之一，生物多样性也一直在我的关注范围内。这些问题涉及生物与其他物种、资源及环境变化的关系。
现在对分子的关注，仍处在这段更广泛的生物学背景之中。分子、个体与生态研究处理的是生物学问题的不同部分，也需要不同类型的证据。
“向前看时，你无法把这些点连起来；只有回望时，它们才会彼此相连。”
科研之外，我也喜欢摄影、咖啡和胶片，并开发了两款独立应用：YanMore Grind 和 FilmDevMonitor。
一张照片里，刚羽化的蝉停在空壳旁，薄薄的翅膀还没有完全展开。另一张里，金色的光照到山脊上的积雪，山谷仍是蓝色。摄影让我有机会仔细看这些很不一样的细节。
咖啡也是 YanMore Grind 的主题。换一包新豆子，往往需要重新调整磨豆机；这个 App 把刻度、冲煮结果和风味笔记放在一起，方便找回上一次尝试。
FilmDevMonitor 则与摄影的另一个环节有关：胶片冲洗。它把工艺、药液、温度、搅动和计时放在同一处，当前步骤旁边就能查看相关来源和安全说明。
为什么是龙虾？
骑着一只巨型龙虾穿过暴风雨，这画面有点荒诞，我很喜欢。它就是一张开玩笑的自画像，没有什么宏大的解释。
“设计的首要条件，是看见真正的需要。”
“你不是在拍下一张照片，而是在创造它。”
银河从东川红土地的山脊上升起，梯田和村镇灯光仍清楚留在地面。
东川红土地俯拍的栈道在湿地上分开又汇合，几位红衣行人正走向不同方向。
2025刚羽化的蝉停在空壳旁，翅膀还带着没有完全展开的透明。
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