科研工作流与开源工具
CHARMM-GUI System Builder
把 CHARMM-GUI 构建中的输入检查、网页任务、下载恢复和 GROMACS 文件核验分开记录的 AI Agent Skill。
- 当前公开版本
- v2.2.0 Audit Closure and Stage Handoff Edition
- 许可协议
- AGPL-3.0
- 项目属性
- 公开、非官方社区项目
非官方社区项目。与 CHARMM-GUI、Im Lab 或 Lehigh University 无隶属关系，也不存在官方背书。
01 / 概览
一个“下载完成”，还不是一个能跑的体系。
用 CHARMM-GUI 准备一个跨膜蛋白体系，要经过输入结构、网页表单、后台任务、浏览器下载、压缩包解开和 GROMACS 拓扑检查。任何一步看起来“完成”，都不能替后面的步骤作证。
这个 Skill 把这些环节逐项记下来：提交了什么参数，网页任务停在哪里，下载到的是压缩包还是 HTML 错误页，最终的 GRO、TOP、ITP 和 MDP 是否彼此对应。它不发明新的模拟引擎，也不替代 CHARMM-GUI。
02 / 为什么做它
网页、下载包和拓扑，会在不同地方出错。
网页可能只是把按钮点亮，还没有真正提交；后台可能已经算完，浏览器下载却中断；扩展名写着 `.tar.gz`，文件内容也可能是一张报错页面；GROMACS 文件能够被读取，也不等于配体参数真的进入了最终拓扑。
Skill 不用一个笼统的绿色勾号盖住这些差别。网页状态看网页记录，下载状态检查文件类型和完整性，拓扑状态核对组件；至于体系是否适合进入 production MD，仍然留给研究者单独批准。
03 / 能力
从原始结构，一直检查到 GROMACS 包。
- 01
审计 PDB、SDF、MOL2 与配体参数输入。
- 02
记录网页参数、URL、截图与任务状态。
- 03
检查膜取向、体系尺寸、脂质比例与离子设置。
- 04
区分 running、stalled、backend complete 与需要人工提交下一步。
- 05
恢复浏览器下载中断，并保留恢复证据。
- 06
识别 tar、tar.gz、HTML 错误页、损坏包与未完成下载。
- 07
验证 GRO、TOP、ITP、MDP 与体系组件。
- 08
检查自定义配体参数是否真正进入最终 GROMACS 拓扑。
- 09
用结构环境台账区分普通膜组分与结构解析的脂质、离子、辅因子和口袋组分。
- 10
记录从输入清理、取向、组装到最终坐标的 Pose 保真证据。
- 11
核对约束文件、宏、平衡释放计划与预期生产态，并把未完成义务交接到后续阶段。
- 12
以只读审计、显式锁定和独立验证完成不可变的 Stage 2 Receipt 2.0 收口。
- 13
阻止把技术文件通过误写成 production-ready。
04 / 跨 Agent 支持
同一套检查，可以交给不同 Agent 执行。
公开版本为以下运行环境提供适配，但检查项目和人工接管条件保持一致。
- Codex
- Claude Code
- OpenClaw / Javis
- Hermes Agent
- 其他兼容 Agent Skills 的客户端
运行环境没有浏览器控制或人工接管能力时，Skill 会停在需要网页操作的地方，不把“无法执行”写成“已经完成”。
05 / 科学边界
文件齐全，不等于可以直接开始生产模拟。
Stage 2 的检查只能说明输入、记录和输出包彼此对得上。它不会替研究者判断质子化是否合理、膜组成是否合适，也不会因为拓扑能够预处理就自动授权 MD。
- 不自动给出 Production_Approved。
- 不运行 gmx mdrun。
- 不使用 gmx grompp -maxwarn 掩盖拓扑问题。
- 不替研究者决定膜组成、质子化、蛋白 segmentation 或配体参数。
- 不把准备好的结构描述成结合位点证据。
production_ready=false · md_execution_allowed=false · no_mdrun=true进入 production 之前，仍需专家检查分子身份、质子化、配体参数、膜方向、拓扑预处理和整个体系是否合理。
06 / 来源与致谢
它从几次真正卡住的体系构建里长出来。
跨膜蛋白体系构建最费时间的地方，常常不是填写一次表单，而是任务跑了很久以后怎样接着做、下载失败后怎样确认后端是否已经完成、拿到文件后怎样知道它不是损坏包。这个项目把这些反复出现的问题整理成了可执行检查。
公开版本只保留可以复用的方法。具体小分子、内部 Job ID、未公开结构、私人路径和运行凭据都不进入仓库或这个页面。
Developed with research guidance from Nian Yin and computational workflow support from NianLab.
07 / 公开链接